结论：公司规定旷工三天算自离是否合法，并非由单一因素决定，而是需综合考虑法律法规与用人单位的规章制度。1. 若公司规章制度合法有效且明确规定旷工三天为严重违规，则该规定合法；2. 若规章制度未明确规定或规定不合法，则公司不能仅凭旷工三天就认定员工自离。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律法规层面
我国《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》中，并未直接规定旷工多少天即构成自动离职（自离）。因此，不能仅凭旷工三天就直接认定劳动者自动离职。法律上并未对“自动离职”给出统一、明确的定义，通常理解为劳动者不告而别、擅自离开工作岗位的行为，但这并不等同于劳动关系自动解除。
二、用人单位规章制度层面
规章制度的制定与效力：
- 用人单位有权制定规章制度，但这些制度必须符合法律规定，经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并向劳动者公示或告知。
- 合法有效的规章制度可以作为确定双方权利义务的依据。
旷工规定的设定：
- 若用人单位在规章制度中明确规定旷工三天属于严重违反规章制度的行为，且该规定合法有效，则用人单位可依据《劳动合同法》第三十九条的规定，以劳动者严重违反规章制度为由解除劳动合同。
- 若规章制度无此规定或规定不合法（如未经民主程序制定、未向劳动者公示等），则用人单位不能仅凭旷工三天就认定劳动者自动离职。
三、实际操作建议
对于劳动者：
- 应严格遵守公司的规章制度，按时出勤，以维护自身的合法权益。
- 若认为公司规章制度中存在不合理或不合法的条款，有权向相关部门投诉或寻求法律援助，也可以直接向我咨询。
对于用人单位：
- 应制定合法有效的规章制度，并确保规定的合法性、合理性和可操作性，以便在处理类似问题时能够有据可依。
- 在处理旷工问题时，应依据规章制度进行，避免违法解除劳动合同的法律风险。
- 若员工旷工，公司应首先与员工沟通，了解其旷工的原因，并尝试解决问题。若员工确实存在严重违反公司规章制度的行为，且公司规章制度有明确规定，公司应依法单方面解除劳动合同，并确保支付员工正常工作时间期间的工资，同时无需支付经济补偿金。
四、可能面临的法律后果
若公司规章制度合法且明确规定旷工三天为自离：
- 公司可依据规章制度解除劳动合同，且无需支付经济补偿金。
- 但公司需确保已向员工公示或告知该规章制度，且该规章制度未违反法律法规的强制性规定。
若公司规章制度未明确规定或规定不合法：
- 公司不能仅凭旷工三天就认定员工自离，否则可能构成违法解除劳动合同。
- 员工有权要求公司继续履行劳动合同或支付赔偿金。
总结：公司规定旷工三天算自离是否合法，关键在于公司的规章制度是否合法有效且明确规定了旷工三天的后果。因此，建议公司在制定和执行规章制度时，应确保其合法性和有效性，以保障双方的合法权益。同时，劳动者也应了解并遵守公司的规章制度，以维护自身的劳动权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。