结论：乙方将部分工程分包出去后，一般不能直接由分包单位开票给甲方，但存在特定情形下可以由分包单位开票给甲方的情况。以下从不同角度进行详细分析：
一、一般原则：不能直接由分包单位开票给甲方
在建设工程领域，乙方作为总承包方，与甲方签订了建设工程合同，承担了完成整个工程或部分工程的责任。当乙方将部分工程分包给其他单位（即分包单位）时，分包单位与甲方之间并没有直接的合同关系。根据合同相对性原则，发票的开具应当遵循合同关系，即分包单位应当向乙方开具发票，乙方再向甲方开具发票。
二、特定情形：可以由分包单位开票给甲方
尽管存在上述一般原则，但在特定情形下，分包单位也可以直接向甲方开具发票。这主要涉及到税收和发票管理的相关规定，以及甲乙双方与分包单位之间的三方协议或约定。
税收和发票管理规定：
- 根据税收法规，如果分包单位与甲方之间存在真实的交易关系，且符合税收法规中关于发票开具的规定，那么分包单位在取得相应资质和权限的情况下，可以直接向甲方开具发票。
- 例如，在某些地区或特定类型的工程项目中，税务部门可能允许或鼓励分包单位直接向甲方开具发票，以简化税收流程或提高税收透明度。
三方协议或约定：
- 甲乙双方与分包单位之间可以签订三方协议，明确约定分包单位可以直接向甲方开具发票。这种约定通常需要在合同中明确体现，并确保符合相关法律法规的规定。
- 通过三方协议，可以明确各方的权利和义务，包括发票的开具、税款的缴纳等，从而避免潜在的税务风险和法律纠纷。
三、法律建议与风险提示
法律建议：
- 如果乙方希望分包单位直接向甲方开具发票，建议先与甲方和分包单位进行充分沟通，明确各方的意愿和需求。
- 签订三方协议时，务必确保协议内容合法合规，明确约定发票的开具方式、税款的缴纳责任等关键条款。
- 在实际操作过程中，密切关注税收法规的变化和税务部门的指导，确保发票开具的合规性。
风险提示：
- 如果未经甲方同意或未签订三方协议，分包单位直接向甲方开具发票可能引发税务风险和法律纠纷。例如，甲方可能拒绝接受发票或要求乙方重新开具发票，导致工程款支付延迟或产生其他经济损失。
- 乙方作为总承包方，对分包单位的发票开具行为负有一定的监督和管理责任。如果分包单位开具的发票存在违规行为或导致甲方受损，乙方可能需要承担相应的法律责任。
综上所述，乙方将部分工程分包出去后，一般不能直接由分包单位开票给甲方，但在特定情形下（如符合税收和发票管理规定或签订三方协议）可以由分包单位开票给甲方。在实际操作中，建议乙方密切关注相关法律法规的变化和税务部门的指导，确保发票开具的合规性，并降低潜在的税务风险和法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。