在探讨“甲方付款给分包，分包能否直接开票给甲方”这一问题时，我们首先要明确的是，这涉及到合同关系、税务规定以及实际操作中的多个层面。
一、合同关系层面
在建设工程领域，通常的做法是总承包商与甲方（建设单位）签订工程承包合同，随后总承包商再与分包商签订分包合同。基于这样的合同结构，分包商与甲方之间并不存在直接的合同关系。分包商的合同相对方是总承包商，因此，在正常情况下，分包商应基于其与总承包商的合同关系来处理相关事务，包括款项的收付和发票的开具。
二、税务规定层面
从税务的角度来看，发票的开具通常应遵循合同流、资金流、货物流（或服务流）“三流一致”的原则。这意味着，发票的开具方、收款方和提供服务或货物的方应当是同一主体。在分包商与甲方没有直接合同关系的情况下，如果分包商直接开票给甲方，可能会引发税务上的风险和问题，如被视为虚开发票等。
三、实际操作层面
尽管在一般情况下分包商不能直接开票给甲方，但在某些特殊情况下，如总承包商同意并明确指示分包商直接开票给甲方，并且这种安排符合税务规定和合同约定，那么理论上是可以操作的。然而，这种情况需要严格的合同条款支持，并且必须确保所有相关方的权益得到妥善保护。
四、建议
遵循合同约定：分包商应严格遵循其与总承包商之间的合同约定，包括款项的收付和发票的开具等事项。
咨询专业意见：在涉及复杂税务或合同问题时，建议分包商咨询专业律师或税务顾问，以确保自身权益得到有效保障。
保持沟通：如果分包商有直接开票给甲方的需求，应与总承包商和甲方进行充分沟通，并寻求所有相关方的同意和明确指示。
综上所述，在正常情况下，分包商不能直接开票给甲方。如果确实存在特殊需求或情况，应确保所有相关方的权益得到妥善保护，并咨询专业意见以遵循税务规定和合同约定。