在甲方将项目外包给乙方的情况下，项目发票一般由乙方开具。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同约定优先
合同有明确约定：如果甲乙双方在合同中明确约定了发票的开具方、开具时间、发票类型等具体事项，那么应当按照合同的约定来执行。这是基于合同自由原则，双方有权在合同中约定各自的权利和义务。
合同无明确约定：如果合同中没有明确约定发票的开具方，那么根据一般的商业惯例和税法规定，通常由提供服务或销售商品的一方（即乙方）开具发票。
二、税法规定
增值税发票的开具：根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及相关规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。在项目外包的情况下，乙方作为提供服务的一方，应当向甲方开具发票。
发票的合规性：乙方开具的发票应当符合税法的规定，包括发票的种类、内容、格式等。如果乙方开具的发票不符合规定，甲方有权拒绝接受，并要求乙方重新开具。
三、实际操作建议
明确合同条款：为了避免后续的纠纷和争议，甲乙双方在签订合同时，应当明确约定发票的开具方、开具时间、发票类型等具体事项。这样可以在合同履行过程中有明确的依据和准则。
保留相关证据：在合同履行过程中，甲乙双方应当保留好与发票开具相关的证据，如合同、付款凭证、发票等。这些证据在后续的纠纷解决中可能会起到关键作用。
及时沟通协商：如果在实际操作过程中遇到发票开具的问题或争议，甲乙双方应当及时沟通协商，寻求解决方案。通过友好的协商和沟通，往往可以更快地解决问题，避免不必要的法律纠纷。
四、特殊情况处理
乙方不具备开票资格：如果乙方不具备开具发票的资格（如未办理税务登记、未纳入增值税管理范围等），那么乙方可能无法直接开具发票。在这种情况下，甲乙双方可以协商由第三方（如具有开票资格的关联公司或税务代理机构）代为开具发票，或者由乙方提供其他合规的凭证来替代发票。但需要注意的是，这种替代方式必须符合税法的规定，并避免产生税务风险。
甲方要求特殊发票：如果甲方对发票有特殊要求（如需要开具特定类型的发票、需要满足特定的税务筹划需求等），那么甲乙双方应当在合同中明确约定这些要求，并确保乙方能够满足这些要求。如果乙方无法满足甲方的特殊要求，那么双方应当协商解决方案，以避免后续的纠纷和争议。
综上所述，在甲方将项目外包给乙方的情况下，项目发票一般由乙方开具。但具体还需要根据合同的约定、税法的规定以及实际操作中的情况来确定。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。