农民工年底发工资超过5000元，这本身并不构成问题，但可能涉及个人所得税缴纳以及工资支付合规性两个核心法律问题，以下分情况说明：

1. 关于个人所得税
   根据《个人所得税法》，工资薪金所得属于综合所得，按年计税，但单位通常按月或按次预扣预缴。若单次工资超过5000元（即个税起征点），需由支付方（如用人单位或包工头）依法代扣代缴个人所得税。具体计算方式为：
   

• 应纳税所得额 = 工资收入 - 5000元（起征点） - 专项扣除（如社保、公积金等） - 专项附加扣除（如子女教育、赡养老人等）；
  
• 税率：根据应纳税所得额对应的税率表计算（3%-45%超额累进税率）。
  建议：若单位未代扣代缴，农民工可要求单位补缴，或自行向税务机关申报缴纳，避免后续被追缴税款及滞纳金。

1. 关于工资支付合规性
   无论工资是否超过5000元，用人单位均需遵守《保障农民工工资支付条例》等规定，确保工资支付合法合规，具体包括：
   

• 支付形式：必须以货币形式支付，不得以实物或有价证券替代；
  
• 支付时间：至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付；
  
• 支付记录：用人单位需提供工资清单，包括支付日期、支付对象、金额等，并由农民工签字确认。
  建议：若单位存在拖欠、克扣工资或未提供工资清单等违法行为，农民工可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁维护权益。

总结：工资超过5000元本身无需担忧，但需关注个税缴纳和工资支付合规性。若遇到单位未代扣个税或拖欠工资等问题，可直接向我咨询具体维权流程。