农民工工资拖欠超过两年，并不会自动失效，但可能会因超过诉讼时效而面临维权困难，不过仍可通过多种途径来维护自身合法权益。以下是从不同角度给出的详细解答和建议：
一、法律时效规定
诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，如果农民工的工资被拖欠两年以上，且在此期间未采取任何法律手段主张权利，那么可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权。但这并不意味着债务本身消失或债权人完全无法追讨，只是可能面临法院不支持其请求的风险。
仲裁时效：劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。然而，对于拖欠劳动报酬的情况，如果劳动关系存续，劳动者申请仲裁不受这一年的仲裁时效期间的限制；但劳动关系终止后，应在一年内提出仲裁申请。
二、应对策略
收集证据：
- 劳动合同、工资条、考勤记录等能够证明劳动关系和工资拖欠事实的材料。
- 与雇主沟通协商的记录，如短信、邮件、录音等。
- 其他相关证据，如证人证言、银行转账记录等。
与雇主协商：
- 尝试与雇主进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。这有助于维护双方的关系，并可能更快地解决问题。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，要求其对雇主的违法行为进行调查和处理。劳动监察部门有权责令雇主支付拖欠的工资，并可能对其处以罚款等行政处罚。
申请劳动仲裁：
- 在收集到足够证据后，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会将依法进行裁决，如果裁决支持农民工的请求，雇主应履行支付义务。
提起诉讼：
- 如果对仲裁结果不满意或在法定期限内未收到仲裁裁决书，可以向人民法院提起诉讼。法院将根据事实和法律规定作出判决。
三、特殊情况处理
不可抗力或其他正当理由：
- 如果在诉讼时效期间的最后六个月内，因不可抗力或其他正当理由（如重大疾病、自然灾害等）导致农民工无法行使请求权，那么诉讼时效将中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
债务人同意履行义务：
- 如果雇主在诉讼时效期间届满后同意履行支付工资的义务，那么不得以诉讼时效期间届满为由抗辩。此时，农民工仍可以依法追究雇主的法律责任。
四、建议与注意事项
- 及时行动：农民工在发现工资被拖欠后，应尽快采取措施，避免拖延导致追讨难度增加。
- 保留证据：务必妥善保管所有与劳动关系和欠薪相关的证据和文件，以便在维权过程中提供有力支持。
- 保护权益：在维权过程中注意保护自己的人身安全和合法权益，避免受到进一步侵害。
综上所述，农民工面对工资被拖欠超过两年的问题时，应综合运用多种途径来维护自身权益。通过协商、投诉、仲裁、诉讼等方式，结合特殊情况的处理，可以有效解决工资拖欠问题，保障劳动者的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。