结论：事业单位扣除基础性绩效和奖励性绩效是否违法，不能一概而论，需结合具体情况判断，包括扣除的原因、依据以及是否符合相关法律法规和单位规章制度等。以下从不同角度进行分析：

一、合法扣除的情况

1. 依据合法有效的规章制度：

   • 如果事业单位扣除绩效工资是基于合法有效的规章制度，且这些规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）、公示或告知劳动者，同时不违反国家法律法规的强制性规定，那么这种扣除可能是合法的。
   • 例如，单位规章制度中明确规定了在某些情况下（如旷工、迟到早退、工作失误造成损失等）可以扣除一定比例的绩效工资，且这些规定与法律法规不相冲突。

2. 劳动者同意或认可：

   • 如果劳动者在入职时或事后对扣除绩效工资的条款表示同意或认可，且这种同意或认可是自愿的、明确的，那么单位扣除绩效工资也可能被视为合法。
   • 例如，劳动者在签订劳动合同时，明确同意单位在特定情况下可以扣除其绩效工资。

3. 符合法律法规的特别规定：

   • 在某些特殊情况下，如劳动者因违法犯罪被追究刑事责任、严重违反单位规章制度等，单位可能根据法律法规的特别规定扣除其绩效工资。

二、违法扣除的情况

1. 无合法依据或规章制度违法：

   • 如果事业单位扣除绩效工资没有合法的依据，或者其规章制度违反了国家法律法规的强制性规定（如未经民主程序制定、未公示或告知劳动者、内容违法等），那么这种扣除就是违法的。
   • 例如，单位规章制度中规定无论何种原因均可随意扣除劳动者绩效工资，这种规定就是违法的。

2. 扣除比例或金额不合理：

   • 即使单位有合法的依据扣除绩效工资，但如果扣除的比例或金额过高，超出了合理范围，也可能被视为违法。
   • 例如，单位因劳动者一次轻微的工作失误就扣除其全部绩效工资，这种扣除显然是不合理的。

3. 未履行告知或协商义务：

   • 在扣除绩效工资前，单位应当履行告知或协商义务，向劳动者说明扣除的原因、依据和金额等。如果单位未履行这些义务就擅自扣除绩效工资，也可能被视为违法。

三、法律建议

1. 审查单位规章制度：

   • 劳动者应首先审查单位的规章制度，了解其中关于绩效工资扣除的规定是否合法有效。如果发现规章制度违法或不合理，可以向单位提出异议或向劳动监察部门投诉。

2. 与单位协商沟通：

   • 如果劳动者对扣除绩效工资有异议，可以与单位进行协商沟通，了解扣除的具体原因和依据，并尝试达成和解。

3. 寻求法律援助：

   • 如果协商无果或单位的行为明显违法，劳动者可以寻求法律援助或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。

总结：事业单位扣除基础性绩效和奖励性绩效是否违法，需根据具体情况判断。劳动者在面对这种情况时，应首先审查单位规章制度、与单位协商沟通，并在必要时寻求法律援助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。