事业单位克扣年底绩效是违法的。下面我将从法律角度对此进行详细解释：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。年底绩效作为劳动者工资的一部分，同样受到此法律条款的保护。
- 同时，《工资支付暂行规定》也明确规定了用人单位不得克扣劳动者工资，并列举了可以代扣工资的情况，但年底绩效并不属于这些可以代扣的范围。
克扣绩效的违法性：
- 事业单位若克扣年底绩效，即违反了上述法律规定，侵害了劳动者的合法权益。
- 克扣绩效可能构成对劳动者劳动报酬的不当剥夺，影响劳动者的生活质量和经济权益。
劳动者的救济途径：
- 若劳动者遭遇事业单位克扣年底绩效的情况，可以向劳动监察部门投诉，要求用人单位纠正违法行为并补发被克扣的工资。
- 劳动者还可以选择通过劳动争议仲裁或诉讼的方式维护自己的合法权益，要求用人单位承担相应的法律责任。
综上所述，事业单位克扣年底绩效是违法的，劳动者有权依法维护自己的合法权益。若你遭遇此类情况，建议及时向我咨询，以便采取合适的法律措施维护自己的权益。