结论：扣除基础性绩效工资是否违法，需根据具体情况判断。若用人单位有合法依据和合理理由，则扣除行为可能合法；反之，则可能构成违法。以下从多个角度为你详细分析：
一、合法扣除基础性绩效工资的情况
劳动合同有明确约定
- 用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了基础性绩效工资及其扣减条件。例如，约定劳动者绩效不达标时，用人单位可按照一定比例扣减基础性绩效工资，且该约定不违反法律法规强制性规定。当劳动者出现约定的特定情况时，用人单位有权按照约定扣减。
- 举例：小李与公司签订的劳动合同中约定，若小李每月销售业绩未达到10万元，公司可扣减其当月基础性绩效工资的20%。某月小李销售业绩为8万元，公司按照合同约定扣减了相应绩效工资，这种扣除行为是合法的。
规章制度有合理规定
- 用人单位依法制定并向劳动者公示的规章制度中，对基础性绩效工资的扣减有清晰、合理的规定，且这些规定符合法律要求。规章制度的制定需经过民主程序，如经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并确保劳动者已知悉。
- 举例：某公司通过职工代表大会制定了绩效考核制度，规定员工若出现严重违反公司操作流程导致生产事故的情况，将扣减当月基础性绩效工资的50%。该制度向全体员工进行了公示，员工小张因违反操作流程导致事故，公司依据制度扣减其绩效工资，此行为合法。
符合法定扣除情形
- 用人单位在特定情况下可代扣劳动者工资，如代扣代缴的个人所得税、社会保险费用等。若基础性绩效工资的扣除符合这些法定情形，则属于合法扣除。
- 举例：公司按照国家规定，从小王的基础性绩效工资中代扣代缴了其个人应承担的社会保险费用，这种扣除是合法的。
劳动者自身过错导致
- 若劳动者因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，用人单位可根据劳动合同约定要求其赔偿经济损失，并从绩效工资中合理扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 举例：小赵在工作中因疏忽大意，导致公司价值5万元的设备损坏，公司根据合同约定要求小赵赔偿部分损失，每月从其基础性绩效工资中扣除1000元（假设小赵当月工资扣除后仍高于当地最低工资标准），这种扣除行为合法。
二、非法扣除基础性绩效工资的情况
无正当理由或随意扣除
- 用人单位若无正当理由或随意更改考核标准后扣除基础性绩效工资，或扣除理由不充分、不合理，均构成非法扣除。
- 举例：公司原本没有关于员工迟到扣减基础性绩效工资的规定，突然以某员工多次迟到为由，扣减其当月全部基础性绩效工资，且没有合理的计算标准和依据，这种扣除行为违法。
恶意扣除
- 用人单位以绩效之名行克扣工资之实，如为惩罚员工、强迫员工离职等目的而恶意扣除基础性绩效工资，属于违法行为。
- 举例：公司领导与某员工发生矛盾，为迫使该员工主动离职，以绩效不达标为由，恶意扣减其基础性绩效工资，这种行为违法。
扣除后低于最低工资标准
- 用人单位扣除基础性绩效工资后，若员工工资低于当地最低工资标准，则此扣除行为不合法。用人单位必须确保员工获得不低于最低工资标准的劳动报酬。
- 举例：当地最低工资标准为2000元/月，小孙当月基本工资为1500元，基础性绩效工资为800元，公司扣减其基础性绩效工资600元后，小孙当月工资仅为1700元，低于最低工资标准，这种扣除行为违法。
制度不合理或未公示
- 若用人单位的绩效工资考核制度存在重大漏洞、显失公平，或未经过民主程序制定、未向员工公示或告知，则依据该制度扣除基础性绩效工资可能构成违法。
- 举例：公司制定的绩效考核制度规定，员工每月必须完成100万元的销售任务，否则扣减全部基础性绩效工资，该任务标准明显过高，对员工显失公平，且该制度未向员工公示，公司依据此制度扣减员工绩效工资的行为违法。
三、员工维权途径
与用人单位沟通
- 员工首先应与用人单位进行沟通，了解扣除基础性绩效工资的具体原因和依据，并要求给出合理解释。在沟通时，员工可以要求用人单位出示相关的规章制度、劳动合同条款等文件。
向劳动监察部门投诉
- 若沟通无果，员工可向当地劳动监察部门投诉，请求介入调查并处理。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并责令用人单位改正。
申请劳动仲裁或提起诉讼
- 若劳动监察部门未能解决问题，员工可向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，还可向人民法院提起诉讼以维护自己的合法权益。在仲裁或诉讼过程中，员工需要提供相关证据，如工资条、劳动合同、规章制度等，以证明用人单位的扣除行为违法。
综上所述，扣除基础性绩效工资是否违法需综合考虑多方面因素。如果你面临此类问题，应充分了解自己的权益和可能的维权途径，以便在必要时采取适当措施保护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询。