结论：在仲裁申请后，若与公司达成协议，是否需要撤回仲裁申请取决于协议的具体内容、履行情况以及双方的真实意愿。以下从不同角度进行分析：

1. 协议内容明确且已履行：

   • 如果双方达成的协议内容明确、具体，且公司已经按照协议履行了相关义务（如支付了赔偿金、恢复了劳动关系等），那么从实际解决问题的角度来看，撤回仲裁申请是合理的。因为此时仲裁的目的已经达成，继续仲裁程序可能只是浪费时间和资源。
   • 操作建议：在此情况下，你可以向仲裁机构提交撤回仲裁申请的书面申请，并附上双方达成的协议作为证据，以证明仲裁请求已经得到满足。

2. 协议内容不明确或未履行：

   • 如果协议内容模糊、不明确，或者公司尚未按照协议履行相关义务，那么撤回仲裁申请可能存在风险。因为一旦撤回申请，你可能就失去了通过仲裁程序来维护自己权益的机会。
   • 操作建议：在此情况下，建议先不要急于撤回仲裁申请。你可以与公司进一步沟通，明确协议内容，并要求公司按照协议履行义务。如果公司拒绝履行或无法履行，你可以继续仲裁程序，以维护自己的合法权益。

3. 协议涉及未来权益或长期安排：

   • 如果协议涉及未来的权益或长期安排（如未来的工资支付、职位晋升等），那么仅仅因为当前达成协议就撤回仲裁申请可能并不明智。因为未来的情况可能发生变化，如果公司未能按照协议履行，你可能需要再次通过法律途径来维护自己的权益。
   • 操作建议：在此情况下，你可以考虑保留仲裁申请，作为对公司未来行为的一种约束和保障。同时，你可以与公司协商，在协议中增加一些保障条款，如违约金、赔偿条款等，以增加公司违约的成本。

4. 法律程序和策略考虑：

   • 从法律程序的角度来看，撤回仲裁申请是一个正式的法律行为，需要遵循一定的程序和规定。因此，在决定是否撤回申请前，你应该仔细考虑法律程序和策略上的因素。
   • 操作建议：如果你对法律程序不熟悉或不确定如何操作，可以咨询专业的劳动法律师或仲裁机构的工作人员，以获取更具体的指导和建议。

额外提醒：在决定是否撤回仲裁申请前，请务必仔细阅读并理解双方达成的协议内容，确保自己的权益得到充分保障。如果对公司是否履行协议存在疑虑或担忧，建议先不要急于撤回申请，而是继续通过法律途径来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。