针对您提出的“合同是对方公司签的，但工程由您实际施工，若要起诉应走什么程序”的问题，核心在于明确您与合同签订方之间的法律关系，并据此确定诉讼策略和程序。以下分情况为您详细阐述：
一、若您与合同签订方存在事实上的合同关系（如口头约定、实际履行等）
诉讼主体确定：
- 您作为实际施工人，有权以自己的名义提起诉讼。
- 被告应为合同签订方（即对方公司）。
诉讼程序：
- 准备起诉材料：包括起诉状、证据材料（如施工记录、验收报告、付款凭证、与对方公司的沟通记录等，用以证明您实际施工的事实及对方应付款的依据）。
- 提交法院：向有管辖权的法院（通常是合同履行地或被告住所地法院）提交起诉材料，并缴纳诉讼费。
- 法院受理：法院审查后，若符合立案条件，会予以受理，并通知双方当事人。
- 开庭审理：法院会安排开庭，双方进行举证、质证、辩论等。
- 判决与执行：法院根据审理情况作出判决，若对方不履行判决，您可申请强制执行。
注意事项：
- 确保证据充分、完整，以证明您与对方公司之间的事实合同关系及对方应付款的事实。
- 注意诉讼时效，通常为三年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。
二、若您与合同签订方不存在直接的合同关系（如您是通过第三方承包或分包获得工程）
诉讼主体确定：
- 若您与第三方存在合同关系，可先起诉第三方，要求其支付工程款。
- 若第三方与对方公司之间存在合同关系，且您符合法律规定的实际施工人条件（如转包、违法分包等情形），您也可直接起诉对方公司，但需注意法律对实际施工人权利的保护有一定限制。
诉讼程序（以直接起诉对方公司为例）：
- 准备起诉材料：与上述情况类似，但需额外证明您作为实际施工人的身份及对方公司应承担付款责任的事实（如转包、违法分包协议，或对方公司直接参与工程管理、验收等证据）。
- 提交法院、法院受理、开庭审理、判决与执行等程序与上述情况相同。
注意事项：
- 在此类情况下，法律对实际施工人的保护有一定条件限制，需确保您的诉求符合法律规定。
- 同样需注意证据的充分性和完整性，以及诉讼时效的问题。
三、综合建议
- 收集并整理证据：这是诉讼的关键，务必确保所有证据真实、合法、有效，并能形成完整的证据链。
- 咨询专业律师：虽然我可以为您提供法律咨询，但具体案件的处理还需根据实际情况制定策略。如有需要，您可以进一步向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。
- 考虑和解或调解：在诉讼前或诉讼过程中，双方也可考虑和解或调解，以节省时间和成本，达成双赢的结果。
希望以上解答能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。