结论前置：
- 工厂员工自离时，用人单位仍需支付其已提供劳动部分的工资。
- 若员工自离给用人单位造成经济损失或违反服务期约定，用人单位可依法要求赔偿，但这不能成为拒绝支付工资的理由。
详细分析：
一、工资支付的基本原则
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《工资支付暂行规定》第九条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应一次付清劳动者工资。这表明，无论员工是自离还是其他原因离职，只要其提供了劳动，就有权获得相应的劳动报酬。这是劳动法赋予劳动者的基本权利，用人单位不得以员工自离为由拒绝支付工资。
二、特殊情况下的处理
造成单位损失：
- 如果员工自离导致用人单位经济损失，如项目延期、客户流失等，用人单位有权按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失。
- 赔偿金额可从员工工资中扣除，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
违反服务期约定：
- 若用人单位为员工提供专项培训并约定服务期，员工自离将构成违约，需按约定支付违约金。
- 违约金数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
三、维权途径与建议
面对用人单位拒绝支付工资的情况，员工可采取以下措施维护自身权益：
与用人单位协商：
- 首先尝试与单位相关负责人进行沟通，明确表达要求支付工资的意愿，并寻求和解。在协商过程中，可以保留好沟通记录，如邮件、短信、微信聊天记录等，以备后续维权使用。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，可向当地劳动监察大队提交投诉，由其对用人单位进行调查并责令支付工资。投诉时，需要提供相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以证明自己的劳动关系和工资情况。
申请劳动仲裁：
- 如劳动监察部门未能解决问题，员工可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付工资及可能的经济补偿。申请仲裁时，需要提交仲裁申请书和相关证据材料。注意，申请仲裁的时效期间为一年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。
提起诉讼：
- 对仲裁结果不满的员工，可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。在诉讼过程中，需要提供充分的证据来支持自己的主张。
四、实际案例与启示
在实际操作中，曾有员工因自离而被用人单位拒绝支付工资，但通过法律途径成功维权。这启示我们，员工在遭遇工资纠纷时，应积极采取合法途径维护自己的权益，不要因为用人单位的强势而放弃自己的合法权益。
五、总结与建议
工厂员工自离时，用人单位仍需支付其已提供劳动部分的工资。若员工自离给用人单位造成经济损失或违反服务期约定，用人单位可依法要求赔偿，但这不能成为拒绝支付工资的理由。员工在遭遇工资纠纷时，应积极与用人单位协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等合法途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。