关于公司是否按实发工资缴纳社保合法的问题，这是一个涉及员工切身利益和公司合规运营的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、社保缴费基数的合法确定
根据《中华人民共和国社会保险法》及相关规定，社保缴费基数并非简单地以实发工资为基准，而是应基于职工工资总额或本人上年度月平均工资来确定，这通常指的是应发工资。应发工资包括了劳动者提供正常劳动后应得的全部工资报酬，如基本工资、奖金、津贴和补贴等。同时，社保缴费基数还受到当地社保部门规定的上下限的限制，一般最低不能低于上年度全市职工月平均工资的60%，最高不能高于上年度全市职工月平均工资的300%。
二、实发工资与应发工资的区别及影响
实发工资是扣除五险一金、个人所得税等法定扣除项后，劳动者实际到手的薪资。而应发工资则是劳动者应得的全部工资报酬。以实发工资作为社保基数，往往会导致缴纳金额低于法定标准，从而损害劳动者的社保权益。因为实发工资通常低于应发工资，所以按实发工资缴纳社保很可能违反社保缴费基数的下限规定。
三、公司按实发工资缴纳社保的合法性分析
合法情况：在极少数特殊情况下，如果实发工资等于应发工资，且该数额恰好处于当地社保缴费基数的上下限之间，那么以实发工资作为社保基数是合法的。但这种情况并不常见。
不合法情况：
四、员工应采取的应对措施
如果您发现公司未按应发工资缴纳社保，您可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
与公司协商：首先尝试与公司沟通，指出其违法行为并要求按实际工资（应发工资）缴纳社保，同时要求补缴之前少缴的部分。
向社保部门投诉：若协商无果，您可向当地社会保险行政部门（如人力资源和社会保障局）投诉，并提供劳动合同、工资条等证据。社保部门将调查核实并责令公司改正。
申请劳动仲裁与诉讼：您还可通过劳动仲裁来维权。虽然社保补缴问题通常不属于仲裁直接受理范围，但您可以公司未依法缴纳社保为由要求解除劳动合同并主张经济补偿。若仲裁裁决公司应补缴社保而公司拒绝执行，您可依法提起诉讼。
五、公司可能面临的法律后果
如果公司未按应发工资缴纳社保，将面临以下法律后果：
补缴社保费用：公司需限期补缴少缴的社保费用，包括单位应缴部分和员工个人应缴部分。
加收滞纳金：自欠缴之日起，按日加收万分之五的滞纳金。
行政处罚：情节严重的，公司将被处以应缴社会保险费数额一倍以上三倍以下的罚款，其直接负责的主管人员和其他直接责任人员也将面临罚款。
经济补偿：若因公司未足额缴纳社保导致员工解除劳动合同，公司还需支付经济补偿，具体额度根据员工工作年限确定。
综上所述，公司应按照应发工资作为社保缴费基数来缴纳社会保险费，以确保符合法律法规要求并充分保障劳动者的社保权益。如果您发现公司存在违法行为，请积极采取措施维护自己的合法权益。