当建筑施工合同协议书中约定的计价原则与专用条款约定的结算依据不一致时，首先应明确合同条款的解释顺序，并结合合同目的、行业惯例及双方真实意思表示进行综合判断，必要时可通过补充协议或司法途径解决争议。以下是具体分析：

1. 合同条款解释顺序的优先性
   根据《民法典》第四百六十六条及建设工程合同示范文本的通用条款，合同文件的解释顺序通常为：中标通知书→投标函→专用条款→通用条款→技术标准→图纸等。若计价原则与结算依据的冲突源于不同合同文件（如协议书与专用条款），应优先适用解释顺序在后的文件（即专用条款）。但若两者均位于同一层级文件（如均属协议书或专用条款内部冲突），则需进一步分析条款内容。

2. 条款内容冲突的实质性审查

   • 计价原则：通常涉及工程价款的计算方式（如定额计价、工程量清单计价、固定总价等），属于合同核心经济条款。
     
   • 结算依据：可能指向具体结算文件（如竣工图、变更签证、审计报告等）或结算程序（如审核时限、争议解决方式）。
     若两者冲突表现为“计价方式与结算文件指向矛盾”（如协议书约定固定总价，但专用条款要求按审计结果结算），需结合合同目的判断：若专用条款系双方对结算程序的特别约定（如为规避审计风险而明确审核流程），可能优先适用；若专用条款实质变更计价方式（如将固定总价改为可调价），则可能因违反招标投标法（如必须招标项目）或显失公平被认定无效。

3. 行业惯例与双方真实意思的辅助判断
   建设工程领域存在“量价分离”的计价惯例，即工程量按实结算、单价按合同约定。若协议书与专用条款的冲突源于对“量”或“价”的不同约定，可参考《建设工程工程量清单计价规范》（GB50500-2013）中关于“合同价款调整”的规定，结合双方交易习惯（如过往合作模式、行业通行做法）推断真实意图。例如，若专用条款明确“结算价=合同价±变更签证”，而协议书仅笼统约定“按实结算”，则专用条款的细化规定更可能体现双方合意。

4. 争议解决路径

   • 协商补充协议：双方可签订补充协议明确计价与结算的统一标准，这是最高效的方式。
     
   • 第三方机构介入：委托造价咨询机构对争议条款出具专业意见，或通过调解、仲裁（若合同有约定）解决。
     
   • 司法裁判：若协商无果，可向法院起诉，法院将根据《民法典》第一百四十二条（意思表示解释规则）、第四百六十六条（合同解释规则）及《建设工程司法解释一》第十九条（结算依据认定规则）进行裁判。例如，若专用条款系后签订且无违法情形，法院可能优先适用；若协议书条款更具体且符合交易目的，则可能支持协议书约定。

建议行动步骤：

1. 梳理合同文件，明确计价原则与结算依据的具体条款内容及所在文件层级；
   
2. 收集双方往来函件、会议纪要等证据，证明实际履行过程中对条款的理解与执行情况；
   
3. 评估冲突条款是否涉及违法情形（如必须招标项目未按招标文件结算）；
   
4. 根据争议金额、时间成本等因素，选择协商、第三方介入或诉讼途径解决。
   

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