结论前置：在公司工作12年后自动辞职是否有补偿，主要取决于辞职的具体原因和公司的行为。以下是几种常见情况的分析：
一、员工主动辞职且公司无过错
无补偿情况：
- 如果员工因个人原因（如职业规划变动、家庭因素等）主动提出辞职，且公司不存在任何违法违规行为，那么通常情况下，员工是无法获得经济补偿的。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工因个人原因主动辞职，不属于用人单位应当支付经济补偿的情形。
二、员工主动辞职但公司存在过错
有补偿情况：
- 如果公司存在未依法为劳动者缴纳社会保险费、未及时足额支付劳动报酬、未提供劳动保护或劳动条件、规章制度违反法律法规损害劳动者权益等违法行为，导致员工被迫辞职，那么员工有权要求公司支付经济补偿。
- 经济补偿标准按员工在公司工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。对于工作12年的员工，应支付12个月工资作为经济补偿。月工资的计算公式为：\(月工资=劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资\)。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条和第四十六条的规定，用人单位存在上述违法行为的，劳动者可以解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿。
三、公司提出解除劳动合同
有补偿情况：
- 如果公司主动提出解除劳动合同，且非因员工严重过错等法定情形，员工有权要求公司支付经济补偿。补偿标准同样按员工在公司工作的年限计算，每满一年支付一个月工资，12年工作年限即支付12个月工资作为补偿。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条和第四十六条的规定，用人单位提出解除劳动合同并与劳动者协商一致的，应当向劳动者支付经济补偿。
四、特殊情况
- 违法辞退：如果公司在劳动者提出辞职的过程中，违反法律规定解除或终止劳动合同（如无故辞退、未提前通知等），劳动者不接受辞职安排，那么公司需支付赔偿金。赔偿金标准为经济补偿标准的二倍，对于工作12年的劳动者，赔偿金即为24个月工资。
五、注意事项与建议
证据留存：
- 劳动者在离职时，应妥善保留劳动合同、工资发放记录、社保缴纳证明、离职证明等相关证据，以便日后主张经济补偿或其他权益。
离职程序：
- 劳动者离职需提前30天（试用期为3天）递交辞职申请，并填写离职交接表，完成交接工作后领取离职证明。确保离职过程符合法律规定，避免不必要的纠纷。
法律咨询：
- 如果您对离职补偿问题存在疑问或争议，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供准确的法律意见和帮助。
综上所述，在公司工作12年后自动辞职是否有补偿，需根据具体情况而定。在大多数情况下，如果劳动者主动离职且公司无过错，通常无法获得补偿；但在特定情况下（如公司存在过错或违法辞退），劳动者仍有可能获得相应的经济补偿或赔偿金。