法院在劳动纠纷案件中不单纯依据公司制度判案，主要基于以下原因：

1. 公司制度合法性审查：

   • 法院在审理劳动纠纷案件时，首先会对公司制度的合法性进行审查。如果公司制度违反了国家法律法规的强制性规定，或者与劳动合同、集体合同等相冲突，那么该制度将被视为无效，法院不会依据其进行判案。例如，若公司制度中规定了低于法定最低工资标准的薪酬，这一制度显然违法，法院不会采纳。

2. 公司制度合理性审查：

   • 除了合法性，法院还会对公司制度的合理性进行审查。如果公司制度过于苛刻、不公平，或者缺乏合理的依据，法院可能会认为其不具有合理性，从而不予采纳。例如，公司制度中规定员工迟到一次即扣除全部奖金，这种过于严苛的规定可能被视为不合理，法院在判决时可能会予以调整。

3. 公司制度是否经过民主程序制定：

   • 根据《劳动合同法》等相关法律法规，公司制度的制定需要经过民主程序，即应当与职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。如果公司制度未经民主程序制定，或者未向劳动者公示，那么该制度对劳动者不具有约束力，法院也不会依据其进行判案。

4. 公司制度与案件事实的关联性：

   • 法院在判决时，会综合考虑案件的所有事实和证据。如果公司制度与案件事实无直接关联，或者无法证明案件事实，那么该制度将不会被作为判决的依据。例如，在劳动纠纷中，如果争议焦点是工资支付问题，而公司制度中并未涉及工资支付的具体规定，那么该制度对案件判决将无直接影响。

5. 法律优先原则：

   • 在法律与公司制度发生冲突时，法律具有优先地位。法院在判决时，会遵循法律优先的原则，即如果公司制度与法律法规相冲突，法院将依据法律法规进行判决，而不是公司制度。

针对您的情况，我建议：

• 审查公司制度的合法性和合理性：确保公司制度符合国家法律法规的强制性规定，且不过于苛刻或不公平。
• 确认公司制度是否经过民主程序制定并公示：如果公司制度未经民主程序制定或未向劳动者公示，那么该制度可能对劳动者不具有约束力。
• 收集并整理相关证据：在劳动纠纷中，证据是关键。您需要收集并整理与公司制度、劳动合同、工资支付等相关的证据，以便在法院审理时提供有力的支持。
• 寻求专业法律帮助：劳动纠纷案件往往涉及复杂的法律问题，建议您寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。

如果您在劳动纠纷案件中遇到任何问题，或者需要进一步的法律咨询和帮助，请随时向我咨询。