结论：农民工工资超过5000元时，是否需要交税取决于其综合所得在减去法定费用和免税额后的余额是否超过起征点。若超过，则需按规定缴纳个人所得税；若未超过，则无需缴纳。具体交税责任由农民工个人承担，但通常由雇主代扣代缴。

详细分析：

1. 税法规定与起征点：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，居民个人的综合所得（包括工资、薪金所得）需缴纳个人所得税。
   • 自2018年10月1日起，我国个人所得税的起征点调整为每月5000元。这意味着，如果农民工的月工资收入不超过5000元，则无需缴纳个人所得税。

2. 应纳税所得额的计算：

   • 应纳税所得额 = 综合所得 - 基本减除费用（6万元/年，折合每月5000元） - 专项扣除 - 专项附加扣除 - 依法确定的其他扣除。
   • 基本减除费用：每月5000元。
   • 专项扣除：包括个人缴纳的社会保险费、住房公积金等。
   • 专项附加扣除：如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等支出。
   • 其他扣除：依法确定的其他可以扣除的项目。

3. 具体案例分析：

   • 无需纳税的情况：假设农民工小李每月工资6000元，个人缴纳“三险一金”500元，有一个子女正在接受全日制学历教育，可享受每月1000元的专项附加扣除。则应纳税所得额 = 6000 - 5000（基本减除费用） - 500（专项扣除） - 1000（专项附加扣除） = -500元。由于应纳税所得额为负数，因此小李当月无需缴纳个人所得税。
   • 需要纳税的情况：假设农民工小张每月工资8000元，无专项扣除和专项附加扣除等扣除项目。则应纳税所得额 = 8000 - 5000（基本减除费用） = 3000元。根据个人所得税税率表，适用3%的税率，因此小张每月应纳个人所得税税额 = 3000 × 3% = 90元。

4. 纳税方式与申报：

   • 纳税方式：个人所得税一般由雇主代扣代缴，即雇主在发放工资时直接扣除应纳税额并上缴税务机关。
   • 申报方式：农民工也可以通过个人所得税APP或前往当地税务机关进行自行申报。特别是在有专项附加扣除项的情况下，通过自行申报可以确保享受相应的税收优惠政策。

建议：

• 农民工朋友在了解自身收入情况的基础上，合理利用税收优惠政策，如专项附加扣除等，以减轻税负。
• 如有疑问或需要进一步的税务规划，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和税务规划方案。