结论前置：农民工工资的个人所得税应由农民工个人承担，这是法律规定的义务。用人单位或支付工资的个人作为扣缴义务人，负责代扣代缴个人所得税，但并不承担税款本身。以下从多个角度进行详细分析：

1. 法律规定层面：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，个人所得税以所得人为纳税人，即取得工资收入的农民工本人为纳税义务主体。无论农民工是城镇户口还是农村户口，均属于居民个人，应依法缴纳个人所得税。当农民工的工资收入达到个税起征点及以上时，需按照税法规定缴纳相应的个人所得税。
   • 例如，若农民工月工资收入为8000元，扣除5000元的基本减除费用以及其他允许扣除的项目后，若应纳税所得额为2000元，则对应3%的税率，需缴纳个人所得税60元。这60元税款是从小李应得的工资中扣除的，由小李个人承担。

2. 企业操作层面：

   • 支付农民工工资的单位或个人作为扣缴义务人，有义务按照法律规定代扣代缴个人所得税。企业在发放工资时，会先计算出农民工应缴纳的个人所得税，然后从其工资中扣除这部分税款，并在规定的时间内将代扣的税款缴纳给税务机关。
   • 例如，某建筑企业在每月发放农民工工资时，财务人员会根据每位农民工的工资收入、扣除项目等信息计算应纳税额，然后从工资中扣除相应税款，再将剩余工资发放给农民工，并按时将代扣的税款申报缴纳给税务机关。如果企业未依法履行该义务，可能会面临税务机关的处罚。

3. 工资构成及市场因素层面：

   • 尽管法律规定和个人所得税的实际承担者为农民工个人，但在实际操作中，农民工可能会与雇主就工资构成进行协商。特别是在劳动力市场上，如果供求关系对农民工有利，他们可能会要求雇主在考虑个税因素后提高工资，以保证自己的到手收入不受影响。这种情况下，虽然表面上看起来雇主承担了部分或全部个税成本，但实际上这只是通过提高工资的方式进行了转嫁。
   • 例如，原本约定工资是每月6000元，若考虑个税因素后，农民工可能要求将工资提高到6200元，以保证自己到手收入仍为期望的数额。这种协商并不改变个人所得税由农民工个人承担的法律规定。

总结与建议： 综上所述，农民工工资的个人所得税应由农民工个人承担，这是法律规定的明确义务。用人单位或支付工资的个人作为扣缴义务人，负责代扣代缴个人所得税，但并不承担税款本身。在实际操作中，农民工应了解自己的纳税义务，并与雇主就工资构成进行合理协商，以确保自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。