总述：实际施工人确认的农民工工资，总承包人提出异议是否合法，这取决于异议的内容和依据。如果总承包人的异议是基于合理的理由和充分的证据，那么其提出异议是合法的；反之，如果异议缺乏合理依据或证据不足，则可能不被法律所支持。以下从几个角度进行详细分析：

1. 总承包人提出异议的合法性基础：

   • 合同条款：如果总承包人与实际施工人之间的合同中明确规定了工资确认的程序、标准或争议解决方式，总承包人可以依据合同条款提出异议。例如，合同可能规定工资需经双方共同确认或需经过特定审核流程，若实际施工人单方面确认的工资未遵循这些程序，总承包人有权提出异议。
   • 法律规定：根据《劳动法》、《劳动合同法》以及相关劳动保障法规，工资支付应当遵循公平、公正、合法的原则。如果总承包人认为实际施工人确认的工资存在违法或不合理之处，如虚报工资、未按规定支付加班费等，总承包人可以依法提出异议。

2. 总承包人提出异议的具体情形：

   • 工资数额争议：总承包人可能认为实际施工人确认的工资数额过高或过低，与实际情况不符。此时，总承包人可以提供相关证据，如工作记录、考勤表、工资单等，以支持其异议。
   • 工资支付方式争议：如果总承包人认为实际施工人要求的工资支付方式（如现金支付、银行转账等）不符合合同约定或法律规定，总承包人也可以提出异议。
   • 工资支付时间争议：总承包人可能认为实际施工人要求的工资支付时间过早或过晚，影响了项目的资金安排或农民工的合法权益。在这种情况下，总承包人同样可以提出异议。

3. 总承包人提出异议的法律后果：

   • 协商解决：在提出异议后，总承包人与实际施工人应首先尝试通过协商解决争议。如果双方能够达成一致意见，可以签订书面协议明确工资支付的相关事项。
   • 调解或仲裁：如果协商无果，双方可以寻求第三方调解或申请劳动仲裁。调解机构或仲裁委员会将根据双方提供的证据和法律规定进行裁决。
   • 诉讼：如果调解或仲裁结果仍不能满足一方的需求，该方可以向人民法院提起诉讼。法院将依法审理案件并作出判决。

4. 建议：

   • 保留证据：总承包人在提出异议前，应确保收集并保留好相关证据，如合同、工作记录、考勤表、工资单等，以便在争议解决过程中支持自己的主张。
   • 及时沟通：总承包人应与实际施工人保持及时沟通，明确工资确认的程序和标准，避免因信息不对称或沟通不畅而引发争议。
   • 寻求专业帮助：如果总承包人对法律程序或证据收集等方面存在疑问或困难，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的合法权益得到有效维护。

总结来说，总承包人对实际施工人确认的农民工工资提出异议是否合法，取决于异议的内容和依据。在提出异议时，总承包人应确保自己的主张有合理的理由和充分的证据支持，并遵循合法的争议解决程序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。