发工资的单位和签合同的单位不一致，并不一定不合法，但可能存在一定法律风险，需要分情况讨论。以下是对这一问题的详细分析：
一、可能合法的情况
劳务派遣：
- 在劳务派遣关系中，劳动者与劳务派遣公司签订劳动合同，但实际工作地点和工作内容由用工单位安排。此时，工资可能由用工单位直接发放，或者通过劳务派遣公司转发。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十八条，劳务派遣单位是本法所称用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务，包括支付工资。若用工单位直接支付工资，且劳务派遣单位与用工单位之间有合法协议，则这种安排是合法的。
借调或外派：
- 员工可能被原用人单位借调到其他单位工作，或者因业务需要被外派到子公司、分公司或其他关联企业。在这种情况下，员工的劳动关系仍保留在原用人单位，但工资可能由实际工作的单位发放。
- 分析：只要原用人单位与借调或外派单位之间有合法协议，且原用人单位继续履行对劳动者的义务（如社保缴纳等），则这种安排也是合法的。
代发工资：
- 有些公司为了简化财务流程或出于其他考虑，会委托第三方机构（如人力资源服务公司）代为发放工资。
- 分析：这种情况下，虽然发工资的单位与签订合同的单位不同，但实际上并不改变劳动者与原用人单位之间的劳动关系，且通常会有合法协议作为依据，因此也是合法的。
二、可能不合法的情况及法律风险
违法分包或挂靠：
- 一些不具备合法经营资格的单位或个人可能会借用其他单位的名义进行经营活动，并招聘员工。这种情况下，劳动者可能与被挂靠的单位签订劳动合同，但实际工作和工资发放却由挂靠人或其他单位负责。
- 法律风险：这种行为是违法的，劳动者的权益可能受到侵害，如工资拖欠、社保未缴纳等。同时，由于合同主体与实际用工主体不一致，可能导致劳动关系认定困难，增加维权难度。
未明确责任义务：
- 即使发工资的单位与签合同的单位之间存在合法关系（如劳务派遣、借调等），但如果未明确双方的责任义务，也可能导致劳动者的权益受损。
- 法律风险：例如，若发工资的单位未按时支付工资，而签合同的单位又拒绝承担责任，则劳动者可能面临维权困境。
三、应对措施与建议
核实情况：
- 劳动者应首先核实自己的劳动关系、工资发放情况以及社保缴纳情况，确保自己的权益不受损害。可以通过查看劳动合同、工资条、银行流水等证据来确认。
保留证据：
- 妥善保管好劳动合同、工资条、银行流水明细、工作证、考勤记录等相关证据，以备不时之需。这些证据在维权过程中将起到关键作用。
与单位沟通：
- 如果发现问题，应及时与用人单位或发工资的单位进行沟通，要求解释原因并纠正不当行为。在沟通过程中，可以要求对方提供书面说明或协议，以明确双方的责任义务。
寻求法律援助：
- 如果沟通无果或权益受到严重侵害，可以寻求劳动仲裁委员会或法院的帮助，维护自己的合法权益。在申请仲裁或提起诉讼时，应提供充分证据支持自己的诉求。
总结来说，发工资的单位和签合同的单位不一致并不一定不合法，但可能存在一定法律风险。劳动者应核实情况、保留证据、与单位沟通，并在必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。