结论：辞职不批自动离职一天扣三天工资的做法，一般是不合理的，且可能违反相关法律法规。以下从多个角度进行分析：
一、法律角度
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
- 这意味着，除非有法定或约定的合理理由，否则用人单位不得随意克扣劳动者的工资。自动离职一天扣三天工资的做法，显然缺乏法律依据，属于无故克扣工资。
离职手续与工资结算：
- 劳动者提出辞职后，用人单位应按照法律规定和劳动合同约定，及时办理离职手续并结算工资。
- 如果劳动者未按照规定提前通知用人单位而擅自离职，用人单位可以依据内部规章制度或劳动合同约定，要求劳动者承担一定的违约责任或赔偿损失，但这并不等同于可以随意克扣工资。
二、实践角度
用人单位规章制度：
- 即使用人单位在内部规章制度中规定了自动离职一天扣三天工资的条款，该条款也可能因违反法律法规而无效。
- 劳动者有权对用人单位的规章制度提出异议，并可以通过劳动争议调解仲裁机构或法院来维护自己的合法权益。
劳动争议处理：
- 如果劳动者认为用人单位克扣工资的行为违法，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动争议仲裁。
- 在劳动争议处理过程中，用人单位需要承担举证责任，证明其克扣工资的行为有合法依据。如果无法证明，则可能面临支付被克扣工资、赔偿金等法律责任。
三、建议与风险提示
对于劳动者：
- 在提出辞职前，应仔细阅读劳动合同和用人单位的规章制度，了解离职手续和工资结算的相关规定。
- 如果用人单位存在克扣工资等违法行为，应及时收集证据并向劳动监察部门投诉或申请劳动争议仲裁。
对于用人单位：
- 应制定合法合规的规章制度，并明确离职手续和工资结算的相关规定。
- 在处理劳动者离职问题时，应遵循法律法规和劳动合同约定，避免采取违法违规的克扣工资等行为。
总结：辞职不批自动离职一天扣三天工资的做法，一般是不合理的且可能违反相关法律法规。劳动者在遇到此类情况时，应积极维护自己的合法权益；用人单位也应遵守法律法规和劳动合同约定，合法合规地处理劳动者离职问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。