结论前置：公司以员工未提前一个月辞职为由扣除三天工资并视为自动离职的做法，一般情况下是不合法的。
详细分析：
工资扣除的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，劳动者有取得劳动报酬的权利，用人单位不能随意克扣工资。员工未提前一个月辞职，并不构成用人单位扣工资的合法理由。
- 如果劳动合同中有明确约定，未提前一个月辞职需承担相应违约责任，且该约定不违反法律法规强制性规定，那么从其约定。但即便如此，扣除的工资数额也应合理，不能超过员工因未提前辞职给单位造成的实际损失，并且要遵循法定程序，如告知员工扣除原因、提供相关证据等。
自动离职的认定：
- 自动离职通常指的是员工未经用人单位同意，擅自离职的行为。而员工未提前一个月辞职，并不等同于自动离职。用人单位不能仅凭员工未提前通知就单方面认定其为自动离职。
给单位造成损失的处理：
- 若员工未提前辞职的行为给用人单位造成了直接经济损失，比如泄露商业机密、损坏重要设备等，用人单位可以要求员工赔偿相应损失。但赔偿应依法进行，不能随意扩大扣除范围，且赔偿金额应以实际损失为限。
合理建议：
- 员工未提前一个月辞职，用人单位应与员工进行沟通协商，而不是直接扣工资或视为自动离职。双方可以就辞职事宜及工资结算等问题达成一致。
- 如果协商无果，用人单位或员工均有权向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。这是法律对劳动者辞职权的保障，并未赋予用人单位因劳动者未提前通知而扣发工资或视为自动离职的权利。
- 建议：作为员工，应了解自己的辞职权，并按照法律规定提前通知用人单位。作为用人单位，应依法处理员工的辞职事宜，确保员工的合法权益得到保障。如果遇到因未提前辞职而产生的工资或离职问题，双方应积极沟通协商，或寻求法律途径解决。
可能的法律后果：
- 如果用人单位违法扣除员工工资或视为自动离职，员工有权向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。一旦查实，用人单位可能需要补发工资、支付赔偿金等，并可能面临行政处罚。
综上所述，公司以员工未提前一个月辞职为由扣除三天工资并视为自动离职的做法是不合法的。双方应依法处理辞职事宜，确保员工的合法权益得到保障。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。