公司不能仅以女员工和车间领导有不正当关系为由直接开除该女员工，是否能够开除需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
- 从公司规章制度角度
- 如果公司的规章制度中明确规定，员工之间存在不正当关系属于严重违反公司纪律的行为，并且该规章制度是经过民主程序制定（例如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定），同时已经向员工进行了公示或者告知（比如组织员工学习、在办公区域张贴等），那么公司可以依据规章制度对涉事女员工进行处理。
- 然而，即便规章制度有相关规定，公司在处理时也需要有充分的证据证明女员工确实与车间领导存在不正当关系。例如，有明确的聊天记录、证人证言等能够证实这种关系的存在。如果公司仅凭猜测或者没有确凿证据就开除女员工，那么这种开除行为可能构成违法解除劳动合同。
- 从对工作秩序和公司利益影响角度
- 若女员工与车间领导的不正当关系已经对公司的正常工作秩序造成了严重破坏，比如导致车间管理混乱、员工之间关系紧张、工作效率大幅下降等，并且这种影响是直接且明显的，公司可以以“严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害”为由开除女员工。但同样，公司需要承担举证责任，证明不正当关系与工作秩序破坏、公司利益受损之间存在直接的因果关系。
- 如果这种不正当关系并没有对工作秩序和公司利益产生实质性的负面影响，公司仅仅以道德层面的理由开除女员工，是不合法的。因为劳动关系主要调整的是劳动者与用人单位之间基于劳动而产生的权利义务关系，道德问题并不必然成为解除劳动合同的合法依据。
- 从性别平等和反就业歧视角度
- 在处理此类问题时，公司还需要遵循性别平等和反就业歧视的原则。不能因为女员工的性别而对其采取更为严厉的处理措施。如果公司对涉事男领导和女员工采取不同的处理方式，或者仅仅因为女员工是女性就对其进行开除，这可能构成性别歧视，违反了相关法律法规中关于平等就业的规定。
如果公司违法开除女员工，女员工可以要求公司继续履行劳动合同或者支付赔偿金。赔偿金的标准按照经济补偿标准的二倍计算，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
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