关于学校与工厂签订协议让学生实习是否合法的问题，这主要取决于实习的具体安排和学生的权益是否得到充分保障。

首先，需要明确的是，学生的实习活动应当遵循自愿原则。这意味着学生有权选择是否参加实习，以及选择实习的单位和岗位。学校作为教育机构，其职责是为学生提供教育服务，包括实习机会，但不应强制学生参加实习。如果学校完全不允许学生自主实习，或者强制安排实习单位，尤其是当这种安排明显侵犯了学生的合法权益时，这种做法通常是不符合法律规定的。

其次，学校与工厂签订的实习协议，虽然代表了学校和工厂之间的合作意愿，但并不能直接代表学生与工厂之间就此问题达成了共识。学生作为实习的主体，其权益应当得到充分的尊重和保护。如果实习协议中涉及到了学生的工作时间、休息休假、劳动报酬等关键条款，而这些条款并未得到学生的同意或者违反了相关法律法规的规定，那么这样的协议可能是无效的，或者至少是存在法律风险的。

此外，根据《中华人民共和国职业教育法》的相关规定，职业学校、职业培训机构如果通过非法途径（如人力资源服务机构、劳务派遣单位或者非法从事人力资源服务、劳务派遣业务的单位或个人）组织、安排、管理学生实习实训，将会面临法律责任，包括责令改正、没收违法所得以及罚款等。

如果学生遇到学校强制实习或者实习安排不合理的情况，可以采取以下措施：

1. 向学校管理层反映情况，表达自己的意愿和诉求。
2. 如果学校不予理会或者处理不当，可以向当地的教育行政部门进行投诉或申诉。
3. 在必要时，还可以寻求法律援助或者通过法律途径来维护自己的合法权益。

综上所述，学校与工厂签订协议让学生实习本身并不一定违法，但关键在于实习的具体安排是否遵循了自愿原则、是否保障了学生的合法权益。如果实习安排存在强制、不合理或者侵犯学生权益的情况，那么这样的实习安排是不合法的，学生有权进行投诉和申诉。