结论：依据劳动合同约定旷工三天解除劳动合同是否违法，需根据用人单位的规章制度、劳动合同的约定、解除程序的合规性以及劳动者的具体情况和旷工原因来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
规章制度明确且合法：
- 若用人单位依法制定的规章制度中明确将旷工三天规定为严重违反规章制度的行为，且该规章制度的制定经过了民主程序（如职工代表大会讨论通过），并已向劳动者公示或告知（例如通过员工手册、培训、公告栏等方式），则用人单位依据该规章制度以旷工三天为由解除劳动合同是合法的。
劳动合同有明确约定：
- 若劳动合同中明确约定了旷工达到一定天数（如三天）用人单位有权解除劳动合同，且该约定不违反法律强制性规定，不存在欺诈、胁迫等导致合同无效的情形，则用人单位按照约定解除劳动合同也是合法的。
违法情况
规章制度不明确或违法：
- 若用人单位的规章制度未明确规定旷工三天的后果，或者规定不合理、过于严苛，或者规章制度的制定程序不合法（如未经过民主程序、未向劳动者公示或告知），则用人单位以旷工三天为由解除劳动合同属于违法解除。
解除程序不合规：
- 若用人单位在解除劳动合同时未履行法定程序，如未事先通知工会、未向劳动者说明解除合同的依据和理由等，则可能导致解除行为违法，即使规章制度中有相关规定。
存在合理旷工原因：
- 若劳动者旷工三天存在合理的客观原因，如突发疾病住院无法及时请假等，且用人单位在未了解真实情况、未给予劳动者解释说明机会的情况下就解除劳动合同，则可能构成违法解除。
劳动者权益保障与特殊情况考量
- 权益保障：在解除劳动合同前，用人单位应当给予劳动者合理的解释和告知，让劳动者有机会陈述自己的意见和理由。若用人单位的解除行为被认定为违法，劳动者可以要求用人单位继续履行劳动合同，或者要求支付违法解除劳动合同的赔偿金。
- 特殊情况：除了规章制度和法律规定外，还需考虑具体的旷工原因、劳动者的工作表现等情况。对于因不可抗力等特殊原因导致的旷工，用人单位应酌情处理。例如，对于平时工作表现良好的劳动者，偶尔因特殊情况旷工，用人单位可以考虑给予改正机会，而不是直接解除劳动合同。
法律依据
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。但前提是单位的规章制度中必须明确将旷工列为严重违反规章制度的行为，并且该规章制度需经过民主程序制定并向劳动者公示。
- 根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十四条，因用人单位作出的开除、除名、辞退、解除劳动合同等决定而发生的劳动争议，用人单位负举证责任。这意味着在单位以旷工为由解除劳动合同的争议中，单位需承担举证责任，证明员工存在旷工事实及解除行为的合法性和合理性。
建议：作为劳动者，在面临用人单位以旷工为由解除劳动合同时，应首先了解用人单位的规章制度和劳动合同中的相关约定，以及解除程序的合规性。若认为用人单位的解除行为违法，可以及时向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，维护自己的合法权益。同时，若你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。