结论前置：

1. 一般情况下，旷工扣三天工资是不合法的，因为它违反了《劳动法》及相关法规中关于不得无故克扣或拖欠劳动者工资的规定。
2. 但在特定情况下，如果公司规章制度明确、合法且经过公示或员工同意，并遵循法律规定扣除限额，且旷工行为确实给公司造成了重大经济损失，那么按照规章制度或劳动合同约定扣除相应工资（需确保扣除后工资不低于最低工资标准）可能是合法的。不过，直接扣三天工资往往超出了合理范围，需谨慎判断。

详细分析：

一、法律依据与劳动者权益

• 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。旷工一天，劳动者仅当天未提供劳动，因此用人单位最多只能不支付当天的工资，扣除三天工资的做法超出了合理范围，侵害了劳动者获取劳动报酬的权益。
• 《工资支付暂行规定》第十六条也明确规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

二、规章制度的有效性

• 用人单位有权根据自身的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，并通过规章制度对员工的考勤等进行管理。但这些规章制度必须符合法律规定，经过民主程序制定（如与工会或职工代表平等协商确定），并向劳动者明确公示告知。
• 如果规章制度未经这些程序，或内容违反法律规定（如高额克扣工资），那么该规定对劳动者不具有法律效力，用人单位不能据此随意克扣工资。

三、经济损失与赔偿

• 如果劳动者旷工的行为确实给用人单位造成了实际经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿损失。但这种赔偿应当基于实际损失的合理计算，并提供相应的证据支持，而不是简单地以扣三天工资这种明显不合理的方式进行。
• 即便需要赔偿，扣除工资时也需遵循法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。

四、合法合理的处理方式

• 对于劳动者的旷工行为，用人单位应当依据公司的规章制度或劳动合同约定进行处理。处理方式可以包括给予警告、记过、扣减绩效考核分数、扣减奖金等，但这些处理方式都应当在合法、合理、公正的范围内进行，不能违反国家法律法规的规定。

五、劳动者的维权途径

• 如果劳动者认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以与用人单位协商解决。协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，还可以依法提起诉讼。

建议与行动指南：

• 对于劳动者：如果遇到用人单位以旷工为由扣三天工资的情况，应先查看用人单位的规章制度或劳动合同中是否有相关规定，并评估其合法性。如果认为自身权益受到侵害，可以与用人单位协商解决；协商不成时，及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 对于用人单位：在制定规章制度或劳动合同时，应确保相关规定符合法律法规的要求，避免侵犯劳动者的合法权益。同时，在执行过程中也要严格遵守相关规定，确保公平、公正地对待每一位劳动者。如果确实需要因旷工行为扣除工资，应确保扣除方式合法、合理，并保留好相关证据。