结论：单位有编制但主管局不给职工入编是否合法，需根据具体情况判断，包括编制的性质、单位与主管局的关系、入编的具体条件及程序等。以下从不同角度进行分析：
编制性质与入编条件
- 编制性质：首先，需要明确“编制”的具体性质。在我国，编制通常分为行政编制、事业编制等，不同性质的编制有不同的管理规定和入编条件。例如，行政编制通常与公务员相关，而事业编制则与事业单位工作人员相关。
- 入编条件：入编通常需要满足一定的条件，如学历、专业、工作经验、考核成绩等。如果职工不符合这些条件，主管局拒绝入编是合法的。
单位与主管局的关系
- 独立法人单位：如果单位是独立法人，且拥有自主招聘和入编的权力，那么主管局无权直接干涉单位的入编决定。但单位仍需遵守相关法律法规和编制管理规定。
- 非独立法人单位或受主管局直接管理：如果单位不是独立法人，或者受主管局直接管理，那么主管局对单位的入编决定可能具有更大的影响力。在这种情况下，主管局拒绝入编可能是基于单位整体编制计划、人员结构调整等考虑，但需确保决策过程合法合规。
入编程序与决策过程
- 程序合法性：入编程序需符合相关法律法规和编制管理规定。如果主管局在拒绝入编时未遵循法定程序，如未进行公开招聘、未进行考核等，那么其决定可能违法。
- 决策透明度：主管局在做出入编决定时，应确保决策过程透明、公正。如果决策过程存在暗箱操作、不公正对待等情况，那么职工有权提出异议并寻求法律救济。
法律救济途径
- 内部申诉：职工可以先向单位或主管局提出内部申诉，要求解释拒绝入编的原因，并寻求解决方案。
- 行政复议或诉讼：如果内部申诉无果，职工可以向相关行政部门申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼，要求撤销主管局的违法决定。
建议：
- 如果职工认为主管局拒绝入编的决定违法或不合理，建议先收集相关证据，如招聘公告、考核成绩、拒绝入编的通知等。
- 职工可以咨询专业律师（即我，杨文献律师，专注于劳动纠纷等领域），了解具体的法律救济途径和程序。
- 在采取法律行动前，职工也可以尝试与单位或主管局进行协商，寻求和解或调解的可能性。
可能后果：
- 如果主管局的拒绝入编决定被认定为违法，那么职工可能获得入编的机会，或者获得相应的经济补偿。
- 如果职工采取法律行动但败诉，那么可能需要承担一定的诉讼费用和时间成本。因此，在采取法律行动前，职工应充分评估风险和收益。