结论：关于年薪制员工请病假后月工资已扣，年终奖再按出勤扣是否合法的问题，这主要取决于劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规的具体规定。一般情况下，如果劳动合同或公司规章制度中有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照出勤情况扣减年终奖可能是合法的；但如果规定不明确或存在违法情形，则可能不合法。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同与公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了年终奖的发放条件、计算方式以及与出勤的关联，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照劳动合同的约定执行是合法的。
- 例如，劳动合同中可能规定：“年终奖根据员工全年出勤情况、工作表现及公司业绩综合评定发放，病假期间不计入出勤天数。”在这种情况下，公司按照出勤情况扣减年终奖是合理的。
公司规章制度：
- 公司规章制度也是判断年终奖扣减是否合法的重要依据。如果公司规章制度中明确规定了年终奖的发放规则，且这些规则已经过民主程序制定并公示，员工也已知悉并同意，那么公司按照规章制度执行是合法的。
- 例如，公司规章制度中可能规定：“员工全年病假累计超过一定天数，年终奖将按比例扣减。”在这种情况下，公司按照规章制度扣减年终奖也是合理的。
二、法律法规的角度
《劳动法》与《劳动合同法》：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。年终奖作为劳动报酬的一部分，其发放应当遵循劳动合同和公司规章制度的规定。
- 如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定年终奖的发放条件或计算方式，或者规定存在违法情形（如歧视性条款、违反最低工资标准等），那么公司扣减年终奖的行为可能不合法。
地方性法规与政策：
- 不同地区可能存在关于年终奖发放的地方性法规或政策。例如，某些地区可能规定年终奖必须按照一定比例发放，或者不得因病假等非员工过错原因扣减。在这种情况下，公司需要遵守当地的地方性法规或政策。
三、实际操作与建议
审查劳动合同与公司规章制度：
- 员工应首先审查自己的劳动合同和公司规章制度，了解年终奖的发放条件、计算方式以及与出勤的关联。如果规定不明确或存在疑问，可以向公司人力资源部门咨询或要求解释。
与公司协商：
- 如果员工认为公司扣减年终奖的行为不合理或违法，可以与公司进行协商，寻求解决方案。在协商过程中，员工可以提出自己的诉求和理由，并要求公司提供相应的依据和解释。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。在投诉或寻求法律援助时，员工需要提供相关证据（如劳动合同、公司规章制度、工资条等）来支持自己的诉求。
举例说明：假设某员工的劳动合同中规定年终奖为月薪的3倍，且根据全年出勤情况发放。如果该员工全年病假累计超过了一定天数，公司按照规章制度扣减了部分年终奖。在这种情况下，如果劳动合同和公司规章制度中的规定合法且合理，那么公司的行为是合法的。但如果规定中存在违法情形或公司未按照规定执行，则员工有权提出异议并寻求法律援助。
最后，关于年终奖的扣减问题，每个公司的情况可能都有所不同。如果你对此有疑问或认为公司的行为不合法，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。