结论：公司扣除您住院期间的年假和十三薪年终奖是否合法，需根据具体情况判断，包括劳动合同、公司规章制度以及病假期间的工资支付规定等因素。
一、关于年假扣除的合法性
年假的法律规定：
- 根据《职工带薪年休假条例》，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
- 若职工因个人原因（如病假）未休年假，且未提出补休或未获得相应工资补偿，则公司扣除年假可能不合法。但若公司规章制度或劳动合同中明确规定了病假期间年假的处理方式，且该规定不违反法律法规，则可能合法。
病假与年假的关系：
- 病假是职工因病需要暂停工作接受治疗的期间，而年假是职工每年享有的带薪休假。
- 除非公司规章制度或劳动合同中有特别规定，否则病假期间不应自动扣除年假。
二、关于十三薪年终奖扣除的合法性
十三薪年终奖的性质：
- 十三薪和年终奖通常属于公司对员工的额外奖励，其发放与否及发放标准可能由公司规章制度或劳动合同决定。
- 若公司规章制度或劳动合同中明确规定了病假期间不发放十三薪或年终奖，则扣除可能合法。但若未明确规定，则扣除可能不合法。
病假期间的工资支付：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，职工在医疗期内，其病假工资、疾病救济费和医疗待遇按照有关规定执行。
- 若公司因您住院而扣除十三薪或年终奖作为病假期间的工资调整，需确保该调整不违反最低工资标准等法律法规。
三、综合分析与建议
审查劳动合同和公司规章制度：
- 仔细审查您的劳动合同和公司规章制度，看是否有关于病假期间年假、十三薪和年终奖的明确规定。
与公司协商：
- 若发现公司扣除行为可能不合法，可先与公司进行协商，寻求合理解决方案。
寻求法律援助：
- 若协商无果，您可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设您的劳动合同中明确规定了病假期间不扣除年假，且公司规章制度中也未提及病假期间扣除十三薪或年终奖的情况。那么，公司扣除您的年假和十三薪年终奖就可能不合法。在这种情况下，您有权要求公司补发被扣除的年假工资和十三薪年终奖。
法律建议：在处理此类问题时，建议您保留好相关证据（如劳动合同、公司规章制度、病假证明等），以便在需要时提供证明。同时，若您对法律条款或公司规章制度的理解存在疑问，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解释和建议。