仲裁协议中约定两个仲裁机构时，其效力需根据具体情况综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、仲裁协议有效的情况
能够确定具体仲裁机构：
- 即便仲裁协议中约定了两个仲裁机构，但如果根据合同的其他条款、当事人的后续行为或行业惯例等，可以明确确定其中一个仲裁机构作为争议解决机构，那么该仲裁协议是有效的。例如，合同中虽然提到了两个仲裁机构，但后续通过补充协议、邮件、会议纪要等方式明确选择了其中一个，此时仲裁协议有效。
达成补充协议：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第十八条，如果仲裁协议对仲裁机构约定不明确，但当事人在争议发生后通过协商达成了补充协议，明确了仲裁机构，那么仲裁协议同样有效。这意味着，即使最初约定了两个仲裁机构，只要双方能够就选择其中一个达成一致，仲裁协议就可以被视为有效。
二、仲裁协议无效的情况
仲裁机构不具备合法资格：
- 如果约定的两个仲裁机构中，有一个或两个均不具有合法的仲裁资格，那么该仲裁协议无效。因为仲裁机构必须具备合法的资质和管辖权，才能对争议进行公正、有效的裁决。
约定方式不明确：
- 如果仲裁协议中的两个仲裁机构名称模糊不清、相互矛盾，或未明确约定选择仲裁机构的方式或顺序，导致无法确定具体的仲裁机构，仲裁协议可能无效。例如，合同中只是简单地提到了“可以选择A或B仲裁委员会进行仲裁”，但没有明确选择的方式或顺序，这样的约定就可能被视为无效。
无法达成一致：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国仲裁法〉若干问题的解释》第五条，如果当事人不能就仲裁机构的选择达成一致，仲裁协议无效。这意味着，即使最初约定了两个仲裁机构，但如果双方在争议发生后无法就选择哪一个达成一致意见，且没有其他可以确定具体仲裁机构的依据，那么该仲裁协议就是无效的。
三、实际建议
- 明确约定仲裁机构：在签订仲裁协议时，当事人应尽可能明确约定具体的仲裁机构，以避免因约定不明确而导致的仲裁协议无效风险。如果确实需要约定多个仲裁机构，应确保在争议发生后能够通过补充协议或其他方式明确选择其中一个仲裁机构。
- 选择合法仲裁机构：当事人在选择仲裁机构时，也应确保其具备合法的仲裁资格和管辖权。可以通过查询相关法律法规、行业规定或咨询专业人士来确认仲裁机构的合法性。
- 保留相关证据：在签订仲裁协议及后续协商过程中，当事人应保留好相关证据，如合同、补充协议、邮件、会议纪要等，以便在争议发生时能够证明自己的主张。
举例说明：假设甲公司和乙公司在合同中约定，“因本合同发生的争议，提交A仲裁委员会或B仲裁委员会仲裁”。后来，双方通过邮件明确表示选择A仲裁委员会进行仲裁，并保留了邮件作为证据。在此情况下，尽管最初约定了两个仲裁机构，但后续明确确定了具体的仲裁机构，且保留了相关证据，因此仲裁协议有效。
总结：仲裁协议中约定两个仲裁机构时，其效力并非绝对有效或无效，而是需要根据具体情况进行综合判断。如果您在签订或执行仲裁协议过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。