针对您提出的“员工那份劳动合同在公司，离职怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、员工离职的基本流程与注意事项
提前通知：
- 如果您是非试用期员工，根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，您需要提前三十日以书面形式通知用人单位，以解除劳动合同。建议您按照公司规定的流程提交书面辞职信，并保留好送达证据，如邮件发送记录或挂号信回执。
- 如果您是试用期员工，则只需提前三日通知用人单位即可解除劳动合同，同样建议采用书面形式以避免后续纠纷。
即时解除的情况：
- 若用人单位存在未提供劳动保护、未及时足额支付劳动报酬、未依法缴纳社保等过错，根据《劳动合同法》第三十八条，您有权即时解除劳动合同且无需提前通知。在此情况下，建议您收集好相关证据，以备维权之需。
办理离职手续：
- 离职时，您需要按照公司的规章制度办理离职手续，这包括工作交接、归还公司财物、结清工资等。在工作交接时，请与接手人员详细沟通，确保工作的连续性和完整性。
二、用人单位在员工离职时的责任与义务
接收通知与沟通：
- 用人单位在收到您的离职通知后，应及时确认并与您沟通离职事宜，如离职日期、工作交接安排等。
安排工作交接：
- 为保证工作的连续性，用人单位应指定合适人员与您进行工作交接，并制定交接清单，双方签字确认。交接内容应包括工作任务、客户信息、项目进展等。
结算工资与经济补偿：
- 离职手续办完后，用人单位应一次性付清您的工资。若因用人单位过错导致您即时解除劳动合同或符合支付经济补偿的情形，用人单位应按《劳动合同法》规定支付经济补偿。经济补偿的计算方式通常为：每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年按一年计，不满六个月支付半个月工资。
出具离职证明：
- 根据《劳动合同法》第五十条，用人单位应在解除或终止劳动合同时为您出具离职证明，并在十五日内办理档案和社保关系转移手续。离职证明应写明劳动合同期限、解除或终止日期、工作岗位、工作年限等内容。
三、特别注意事项
保留证据材料：
- 在整个离职过程中，请务必保留好各类相关证据，如辞职信、交接清单、工资结算单、离职证明等。这些证据在日后发生纠纷时将起到至关重要的作用。
关注特别约定：
- 如果您与用人单位签订了竞业限制、保密协议等特别约定，请在离职后严格遵守这些约定，以免违反相关义务而承担法律责任。
法律救济途径：
- 如果在离职过程中与用人单位产生争议且无法协商解决，您可以向劳动监察部门投诉或依据劳动合同中的争议解决条款申请仲裁或提起诉讼。
综上所述，员工离职时需根据离职原因和劳动合同条款依法处理。作为员工，您应提前通知并办理离职手续；作为用人单位，则应接收通知、安排交接、结算工资及经济补偿（如有），并出具离职证明。双方均需遵守法律法规，确保权益得到妥善保障。如有必要，可寻求专业律师的帮助以妥善处理相关问题。