当您离职时发现两份合同都在公司手上，您可以采取以下步骤来维护自己的权益：

首先，尝试与公司进行友好沟通。您可以向公司的人力资源部门或相关负责人说明情况，明确要求他们将属于您的那份合同归还给您。在沟通过程中，保持冷静和理性，清晰地表达您的诉求和理由。

如果公司拒绝归还合同，您可以考虑以书面形式发函给公司。在函件中，详细阐述您索要合同的理由和主张，并明确指出如果公司不归还合同，您将采取进一步的法律措施。同时，务必保留好发函的凭证，如快递单号、邮件发送记录等，以备后续使用。

若与公司沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉。将公司扣押合同的情况如实反映给劳动监察部门，并提供相关证据材料。劳动监察部门会对此进行调查，并责令公司改正其违法行为。

在维权过程中，证据的收集至关重要。您可以尝试通过录音、录像等方式记录自己向公司索要合同的过程，以证明合同确实在公司手中。此外，还可以收集工作证、工资条、考勤记录等能证明您在公司工作过的材料，这些材料也可以作为您与公司存在劳动关系的证据。

最后，我要提醒您的是，发现合同被公司扣押后，务必尽快采取行动来维护自己的权益。避免因没有合同而给后续带来不必要的麻烦和纠纷。如果您在维权过程中遇到任何困难或问题，可以寻求专业律师或法律援助机构的帮助。