结论：员工工作一年零三天，经济补偿金应按一个月工资的标准计算。

法律解释与依据：

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

具体分析：

1. 工作年限的确定：

   • 在您的情况下，员工工作了一年零三天。根据法律规定，六个月以上不满一年的，按一年计算。因此，这一年的工作年限是明确无误的。
   • 额外的三天，由于不满六个月，不单独计算经济补偿，而是并入前一年中一并考虑，即整体按一年计算。

2. 经济补偿金的计算：

   • 既然工作年限按一年计算，那么经济补偿金就应按照一个月工资的标准来支付。
   • 月工资的计算依据是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，这包括了基本工资、奖金、津贴、补贴等所有货币性收入。

特殊情况说明：

• 如果员工的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，那么经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。但这一特殊情况在您描述的案例中并未提及，因此不适用。

建议与行动：

• 作为用人单位，应严格按照法律规定计算并支付经济补偿金，以避免可能的法律纠纷。
• 如果员工对经济补偿金的计算有异议，建议双方通过协商、调解或仲裁等方式解决争议。

如有任何进一步的问题或需要更详细的法律咨询，请直接向我提问，我会根据您的具体情况提供更专业的解答。