结论概述：员工工作20年，若不同意部门调动，是否有赔偿需视具体情况而定。这主要取决于调动是否构成劳动合同的变更、是否违反法律规定以及公司的规章制度等因素。
详细分析：
劳动合同变更的角度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则。如果公司未经员工同意，单方面改变员工的工作部门，这可能构成劳动合同的变更。
- 若员工不同意这种变更，且公司无法证明调动是出于生产经营需要且合理合法，员工有权拒绝，并可能因此解除劳动合同并要求经济补偿。经济补偿的计算通常依据员工在公司的工作年限和月工资水平，工作20年的员工可能获得相当可观的经济补偿。
公司规章制度的角度：
- 如果公司的规章制度中明确规定了部门调动的程序和条件，且这些规定不违反法律法规，员工在入职时也已知悉并同意，那么公司按照规章制度进行调动，员工不同意可能不构成解除劳动合同并要求赔偿的合理理由。
- 但即便如此，公司也应确保调动决定的合理性和公正性，避免滥用权力或侵犯员工权益。
特殊情况下的处理：
- 如果调动是因为员工不能胜任原工作，公司经过培训或调整工作岗位后，员工仍不能胜任的，公司可以提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。但这种情况下，公司仍需支付经济补偿。
- 如果调动是因为客观情况发生重大变化，致使原劳动合同无法履行，且公司与员工未能就变更劳动合同内容达成协议的，公司也可以解除劳动合同并支付经济补偿。
法律建议：
- 对于员工：如果不同意部门调动，首先应与公司进行沟通协商，了解调动的原因和依据。如果认为调动不合理或违法，可以拒绝并要求公司出具书面调动通知，以便后续维权。同时，可以咨询专业律师，了解自己的权益和可能的维权途径。
- 对于公司：在进行部门调动时，应确保调动决定的合理性和合法性，遵循劳动合同变更的原则和程序。如果必须调动，应提前与员工沟通并取得其同意，或者按照法律法规和公司规章制度的规定进行操作。
可能后果：
- 如果员工因不同意调动而解除劳动合同并要求经济补偿，且符合法律法规的规定，公司可能需要支付相应的经济补偿。
- 如果公司未经员工同意单方面调动，且被认定为违法或不合理，可能面临劳动争议仲裁或诉讼的风险，并可能因此承担法律责任。
总之，员工工作20年不同意部门调动是否有赔偿，需根据具体情况和法律法规进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。