甲方发现乙方在施工中将工程转包，首先可以明确的是，甲方有权采取一系列措施来维护自身合法权益，具体包括要求乙方立即停止转包行为、解除合同、要求赔偿损失以及向相关部门举报等。以下是对这些措施的详细解释：
要求乙方立即停止转包行为：
- 甲方作为工程合同的发包方，有权要求乙方按照合同约定履行施工义务，不得擅自将工程转包给第三方。一旦发现乙方存在转包行为，甲方应立即书面通知乙方，要求其停止转包，并恢复按照合同约定进行施工。
解除合同：
- 如果乙方拒不停止转包行为，或者转包行为已经严重影响了工程质量和进度，甲方有权根据合同约定或相关法律法规的规定，解除与乙方的工程合同。解除合同后，甲方可以要求乙方承担违约责任，并赔偿因转包行为给甲方造成的损失。
要求赔偿损失：
- 乙方转包行为可能导致工程质量下降、工期延误等后果，给甲方造成经济损失。甲方有权要求乙方赔偿这些损失，包括但不限于直接经济损失、间接经济损失以及因转包行为导致的额外费用等。
向相关部门举报：
- 如果乙方的转包行为违反了相关法律法规的规定，甲方还可以向建设行政主管部门或其他相关部门举报乙方的违法行为。相关部门将依法对乙方进行处罚，并可能将处罚结果纳入乙方的信用记录，对其未来的经营活动产生不利影响。
在采取上述措施时，甲方应注意以下几点：
- 保留证据：甲方应妥善保管与乙方转包行为相关的证据，如合同、通知、照片、视频等，以便在需要时证明乙方的违法行为和甲方的损失情况。
- 及时沟通：在采取措施前，甲方应尽量与乙方进行沟通，了解其转包的原因和情况，尝试通过协商解决问题。如果协商无果，再采取法律手段维护自身权益。
- 遵循法律程序：甲方在采取法律手段时，应遵循相关法律法规的规定和程序，确保自身行为的合法性和有效性。
此外，如果甲方对如何采取上述措施或相关法律法规存在疑问，可以直接向我咨询。我将根据甲方的具体情况和需求，提供详细、专业的法律建议。