若单位自行检查发现工程存在转包情况，核心处理步骤如下：首先需立即停止转包行为，评估转包合同效力，根据情况采取补救措施，并加强内部管理防止再次发生，同时需注意可能面临的法律责任。 以下为详细分析：

1. 立即停止转包行为
   根据《中华人民共和国建筑法》第二十八条及《招标投标法》第四十八条，工程转包属于违法行为。单位发现转包后，应第一时间终止转包合同，避免违法行为持续扩大。若转包已部分履行，需评估已完工部分的质量及合规性，必要时委托第三方机构进行质量检测，确保工程安全。

2. 评估转包合同的效力

   • 若转包合同未实际履行，单位可依据《民法典》第一百五十三条（违反法律强制性规定的合同无效）主张合同无效，并要求返还已支付的款项。
     
   • 若转包合同已部分履行，需区分情况：若转包方或承包方存在过错（如未取得资质、未履行质量义务），可依据《民法典》第七百九十一条（禁止转包条款）及第五百七十七条（违约责任）要求赔偿损失；若工程存在质量问题，还可依据《建设工程质量管理条例》第六十二条追究转包方及承包方的连带责任。

3. 采取补救措施

   • 内部整改：单位应完善内部管理制度，明确工程承包、分包、转包的审批流程，禁止未经授权的转包行为。
     
   • 外部沟通：若转包涉及业主或发包方，需及时向其说明情况，协商解决方案（如重新签订合法分包合同、调整工程价款等），避免因转包导致合同解除或索赔。
     
   • 行政备案：根据《建筑工程施工发包与承包违法行为认定查处管理办法》，单位需向当地建设行政主管部门报告转包情况，配合调查并接受处罚（如罚款、停业整顿、降低资质等级等）。

4. 防范法律风险

   • 刑事责任风险：若转包导致重大安全事故或严重质量问题，单位及直接责任人可能涉嫌《刑法》第一百三十七条（工程重大安全事故罪），需立即采取措施防止危害扩大，并主动配合司法机关调查。
     
   • 民事赔偿风险：若转包导致第三方（如业主、购房者、实际施工人）损失，单位可能需依据《民法典》第一千一百六十五条（过错责任原则）承担赔偿责任，建议提前预留风险准备金或购买工程保险。

建议：单位应定期开展法律合规培训，强化员工对工程承包法律规定的认知；在签订工程合同时，明确约定禁止转包条款及违约责任；若已发生转包，建议委托律师协助处理合同解除、质量鉴定、行政处罚应对等事宜，最大限度降低损失。如有具体案件细节，可直接向我咨询，我将结合实际情况提供进一步分析。