在施工过程中发现有非法转包行为，应立即采取措施进行查处，并依法追究相关责任。具体处理方式如下：

一. 明确非法转包的定义与性质

非法转包是指承包单位将其承包的全部工程转给其他单位或个人施工，或将其承包的全部工程肢解后以分包的名义分别转给其他单位或个人施工的行为。这种行为违反了《中华人民共和国建筑法》及《建设工程质量管理条例》等法律法规，可能导致工程质量问题、损害建设单位利益，并扰乱建筑市场秩序。

二. 行政监管层面的处理措施

1. 向建设行政主管部门举报：一旦发现非法转包行为，应立即向当地住房和城乡建设局等行政部门举报，由其依法进行查处。根据相关规定，建设行政主管部门有权对非法转包行为进行查处，责令改正，没收违法所得，并处罚款。
2. 配合调查与取证：在举报后，应积极配合行政部门的调查工作，提供必要的证据和材料，以便行政部门能够准确、及时地查处非法转包行为。

三. 合同处理层面的法律后果

1. 转包合同的效力：非法转包的合同通常被认定为无效合同，因为违反了法律、行政法规的强制性规定。这意味着，转包合同自始无效，不具有法律约束力。
2. 合同无效后的处理：虽然转包合同无效，但如果工程经竣工验收合格，实际施工人可以参照合同约定请求支付工程价款。同时，如果因非法转包导致工程出现质量问题、工期延误等损失，责任方需要承担赔偿责任，转包方和接受转包方可能要承担连带赔偿责任。

四. 司法救济层面的维权途径

如果非法转包行为导致了经济损失或其他纠纷，相关方可以通过司法途径进行维权。例如，实际施工人可以以转包人、违法分包人为被告起诉，要求支付工程价款；发包方也可以依据与承包方签订的建设工程施工合同，追究承包方非法转包的违约责任。

五. 加强监管和预防措施

1. 加强监管力度：相关监管部门应加强对建筑工程项目的监督检查力度，对发现的非法转包行为要依法严肃处理，并建立健全举报奖励机制，鼓励社会各界积极举报非法转包行为。
2. 增强法律意识：建设单位和施工单位应充分了解非法转包的法律后果，自觉遵守相关法律法规，增强法制观念。同时，在签订施工合同时，应明确约定禁止非法转包条款，以确保工程质量和安全。

综上所述，在施工过程中发现有非法转包行为时，应立即向建设行政主管部门举报并配合调查与取证工作；同时依法处理合同无效后的法律后果并考虑通过司法途径进行维权；最后加强监管和预防措施以避免类似行为再次发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。