结论：员工在宿舍脑出血，经过双方协议后，是否还需要证明单位责任，取决于协议的具体内容以及脑出血是否与工作有关。以下从不同角度进行分析：
一、协议内容的影响
协议已明确责任划分：
- 如果双方协议中已经明确约定了员工脑出血的责任归属，且该协议是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形，那么该协议对双方具有法律约束力。在此情况下，除非协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，否则一般不需要再额外证明单位责任。
协议未明确责任划分或存在争议：
- 如果协议中未明确约定责任归属，或者双方对协议内容存在争议，那么就需要根据相关法律法规和事实情况来判断单位是否应承担责任。此时，可能需要收集证据来证明脑出血是否与工作有关，以及单位是否存在过错等。
二、脑出血是否与工作有关
与工作有关：
- 如果员工脑出血是由于工作原因导致的，例如长时间加班、工作压力过大等，那么根据《工伤保险条例》等相关法律法规，员工有权享受工伤保险待遇，单位可能需要承担相应的赔偿责任。在此情况下，即使双方已经签订了协议，但如果协议内容违反了法律法规的强制性规定，那么该协议可能无效，员工仍然可以依法主张自己的权益。
与工作无关：
- 如果员工脑出血是由于个人原因导致的，例如自身疾病、生活习惯等，且与工作无关，那么单位一般不需要承担赔偿责任。但是，如果单位在员工宿舍管理等方面存在过错，导致员工脑出血的风险增加，那么单位可能需要承担一定的过错责任。
三、建议与措施
审查协议内容：
- 建议双方仔细审查协议内容，确保协议明确约定了责任归属和赔偿方式等关键条款。如果协议内容存在模糊或不明确之处，建议及时进行补充或修改。
收集证据：
- 如果双方对责任归属存在争议，建议及时收集相关证据，例如医疗记录、工作记录、证人证言等，以证明脑出血是否与工作有关以及单位是否存在过错等。
咨询专业律师：
- 在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议和指导，帮助双方更好地维护自己的权益。
协商与调解：
- 在纠纷发生后，双方可以尝试通过协商或调解的方式解决争议。这不仅可以节省时间和成本，还可以维护双方的关系和声誉。
最后，员工在宿舍脑出血后，双方协议的处理方式取决于协议内容以及脑出血是否与工作有关。如果协议内容明确且合法有效，且脑出血与工作无关，那么一般不需要再额外证明单位责任。但是，如果协议内容存在争议或脑出血与工作有关，那么建议及时收集证据并咨询专业律师的意见。有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。