以不能胜任岗位工作为由解除与无固定期合同员工的劳动关系，其合法性取决于用人单位是否遵循了法律规定的条件和程序。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
充分证明员工不胜任工作：
- 用人单位必须提供明确的考核标准、详细的考核过程记录及客观的考核结果作为证据。例如，若员工为销售人员，用人单位需提供其连续两个季度销售额远低于公司规定标准的销售数据、报表等确凿证据。
培训或调岗：
- 在确认员工不胜任后，用人单位需先对员工进行有针对性的培训或合理调岗。培训应旨在提升员工能力，使其能胜任原岗位或新岗位；调岗则需考虑员工的实际能力和新岗位的合理性。例如，若员工原岗位为技术岗，但技术能力不足，用人单位可将其调岗至对技术要求较低的辅助岗位，或提供相关技术培训。
再次考核并证明不胜任：
- 培训或调岗后，用人单位需再次按照明确的考核标准进行考核，并证明员工仍然不能胜任工作。这要求有再次考核的详细记录和客观结果作为依据。
履行法定解除程序：
- 满足上述条件后，用人单位需提前通知工会（如有）、向劳动者送达解除劳动合同的书面通知，并按规定支付经济补偿金。经济补偿金通常按工作年限计算，每满一年支付一个月工资的经济补偿，六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。若用人单位未提前通知，还需额外支付一个月工资作为代通知金（在特定情况下，如符合《劳动合同法》第四十条规定的情形时适用）。
不合法情形
缺乏充分证据：
- 若用人单位仅凭主观判断或模糊标准就认定员工不胜任，未提供确凿证据，则解除劳动合同行为不合法。例如，用人单位仅凭员工某次工作失误就认定其不胜任，但未提供该失误对工作造成重大影响的证据。
未经培训或调岗：
- 用人单位在未经培训或调岗的情况下，直接以不胜任工作为由解除劳动合同，违反法律规定。例如，用人单位未对员工进行任何培训或调岗，就直接以其不胜任为由解除劳动合同。
滥用解除权：
- 用人单位若以不胜任工作为借口，实际上出于其他不合理目的（如降低成本、排挤特定员工等）解除劳动合同，也属于违法解除。例如，用人单位为了降低人力成本，故意以不胜任工作为由解除与高薪员工的劳动合同。
劳动者权益保护
当劳动者认为用人单位以不能胜任岗位工作为由解除劳动合同不合法时，可采取以下措施维护自己的合法权益：
- 与用人单位协商：寻求和解或补偿方案，如要求用人单位继续履行劳动合同、支付违法解除劳动合同的赔偿金等。
- 向当地劳动监察部门投诉：请求调查处理，劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并要求用人单位改正。
- 申请劳动仲裁：通过法律途径解决争议，劳动仲裁委员会将依法对争议进行裁决，维护劳动者的合法权益。
总结来说，以不能胜任岗位工作为由解除与无固定期合同员工的劳动关系，用人单位必须严格遵守法律规定的条件和程序。若用人单位未遵循相关规定，则解除劳动合同行为可能不合法，劳动者有权采取相应措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。