结论前置：在工伤私了协议中，甲方填员工、乙方填公司的做法，从法律形式上来说并无不可，但关键在于协议内容是否合法、双方意思表示是否真实，以及是否遵循了必要的法律程序。

详细分析：

1. 协议主体的合法性：

   • 工伤私了协议本质上是双方就工伤赔偿事宜达成的一种民事合同。在合同中，甲方和乙方的身份并不固定，只要双方是具有民事行为能力的自然人或法人，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么协议就是有效的。
   • 在您描述的情况下，甲方填员工、乙方填公司，这并不违反法律原则。关键在于，员工（甲方）是否确实遭受了工伤，且公司（乙方）是否愿意承担相应的赔偿责任。

2. 协议内容的合法性：

   • 工伤私了协议的内容必须合法，即赔偿项目、赔偿标准等必须符合相关法律法规的规定。例如，赔偿项目应包括医疗费、停工留薪期工资、伤残补助金等，赔偿标准应不低于当地工伤保险条例规定的标准。
   • 如果协议内容存在违法情形，如赔偿标准过低、免除公司法定责任等，那么该协议可能被认定为无效或部分无效。

3. 双方意思表示的真实性：

   • 工伤私了协议必须基于双方真实的意思表示。如果员工是在被胁迫、欺诈或重大误解的情况下签订的协议，那么该协议可能被撤销。
   • 因此，在签订协议前，双方应充分沟通，确保员工了解自己的权益和协议内容，公司也应明确表达自己的赔偿意愿和条件。

4. 法律程序的遵循：

   • 虽然工伤私了协议是双方自愿达成的，但并不意味着可以完全绕过法律程序。例如，如果员工尚未进行工伤认定，那么公司应建议员工先进行工伤认定，以确保赔偿的合法性和准确性。
   • 此外，如果双方对协议内容存在争议，或者协议签订后员工发现新的工伤情况，那么仍可能需要通过法律途径解决纠纷。

建议：

• 在签订工伤私了协议前，双方应充分了解相关法律法规和赔偿标准，确保协议内容合法、合理。
• 员工应确保自己的意思表示真实，不受胁迫、欺诈或重大误解的影响。
• 公司应明确表达自己的赔偿意愿和条件，避免后续纠纷。
• 如果可能的话，双方可以寻求专业律师的协助，以确保协议的合法性和有效性。

后续行动：

如果您在签订工伤私了协议过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供详细的法律建议和指导。