工厂一般只能扣除入职次月起实际工作月份对应的保险个人缴纳部分，此情况通常扣1次（若涉及跨月且工厂按自然月扣费，理论上不应扣2次，具体看工厂操作是否合规）。以下从不同角度详细分析：

从社保缴纳规则角度

根据我国社保相关规定，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。对于临时工，只要与工厂建立了劳动关系，工厂就有义务为其缴纳社保。

在本案例中，临时工28号入职，29号开始上班，从法律意义上，工厂应从入职起为其考虑社保缴纳事宜。不过，社保费用一般是按月缴纳，且通常以自然月为周期。该员工从28号入职到下个月13号辞职，如果工厂是按照自然月来核算和缴纳社保费用，在28号入职当月，由于未完整工作一个月，部分地区可能允许工厂在当月不单独为其核算社保个人部分费用（但工厂仍需承担单位部分并申报登记），而是从入职次月（即下个月）开始计算和扣除社保个人缴纳部分。

如果员工在下个月工作了13天，这13天属于下个月的工作时间，工厂应当为其缴纳该月的社保，同时扣除员工个人应承担的社保费用。所以从这个角度看，工厂扣除的应该是入职次月这1次社保的个人缴纳部分。

从工厂实际操作及合规性角度

有些工厂可能存在不规范的操作，比如为了方便管理，无论员工工作天数，都按照整月来扣除社保费用。但这种做法是不合规的。如果工厂在员工入职当月和次月都扣除社保费用，对于入职当月，由于员工未完整工作一个月，工厂扣除当月社保个人部分缺乏合理依据（除非当地有特殊规定允许按实际工作天数折算扣除），员工可以与工厂沟通要求退还入职当月不合理扣除的社保费用。

如果工厂坚持扣除两次，员工可以向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门会介入调查，要求工厂提供相关的社保缴纳依据和计算方式。如果工厂无法提供合理合法的依据，劳动监察部门会责令工厂退还多扣除的费用，并对工厂的违规行为进行相应的处罚。