结论：因甲流感幼儿园放假三天（周三、四、五）及周末双休日一起被扣工资，这一做法是否合法需分情况讨论，但通常情况下，因公共卫生事件导致的放假，用人单位不应随意扣减工资。

分析说明：

1. 公共卫生事件导致的放假性质：

   • 甲流感属于公共卫生事件，幼儿园因此放假是为了防止疫情扩散，保障师生健康，属于非劳动者原因造成的停工。
   • 根据《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理。

2. 放假期间工资支付情况：

   • 若放假时间在一个工资支付周期内：幼儿园应按劳动合同规定的标准支付教师工资，不得扣减。
   • 若放假时间超过一个工资支付周期：且教师未提供正常劳动（如未安排线上教学等），则幼儿园可能需按当地规定支付生活费或最低工资标准，而非全额工资。但具体支付标准需参照当地政策，不同地区可能有不同规定。
   • 周末双休日：周末双休日是劳动者的正常休息日，用人单位不应因公共卫生事件而扣减劳动者周末的工资。若幼儿园在周末安排了工作（如线上教学等），则应支付加班费。

3. 幼儿园扣减工资的合法性：

   • 若幼儿园未经与教师协商，也未参照当地政策，单方面决定扣减因甲流感放假期间的工资，这一做法可能缺乏法律依据，不合法。
   • 若幼儿园与教师协商一致，或参照当地政策进行了合理调整（如支付生活费而非全额工资），且调整方案符合法律法规和劳动合同约定，则可能合法。

行动建议：

• 与幼儿园沟通：首先，建议教师与幼儿园进行沟通，了解扣减工资的具体原因和依据，以及幼儿园是否参照了当地政策。
• 查阅当地政策：教师可查阅当地关于公共卫生事件期间工资支付的相关政策，了解自己的权益和幼儿园的义务。
• 申请劳动仲裁：若沟通无果，且教师认为幼儿园扣减工资的行为违法，可向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

后续思考：

• 完善劳动合同：未来，教师在签订劳动合同时，可明确约定因公共卫生事件等不可抗力因素导致放假时的工资支付标准，以减少纠纷。
• 关注政策动态：教师应关注当地关于工资支付、劳动保障等方面的政策动态，及时了解自己的权益和义务。

如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。