总包单位在农民工工资保证金被使用的情况下，不一定会被处罚，具体是否处罚取决于多种因素。以下从不同角度进行分析：

1. 工资保证金的使用条件与程序：

   • 工资保证金通常是为了保障农民工工资支付而设立的专项资金。在总包单位未按时足额支付农民工工资时，相关部门有权按照规定程序动用工资保证金来支付农民工工资。
   • 如果总包单位能够证明其未支付工资是由于不可抗力或其他非自身原因造成的，并且积极采取措施解决工资支付问题，那么在使用工资保证金后，可能不会受到处罚。

2. 总包单位的违规行为与处罚：

   • 如果总包单位存在故意拖欠、克扣农民工工资等违法行为，导致工资保证金被使用，那么根据相关法律法规，总包单位可能会面临行政处罚，如罚款、责令限期支付工资等。
   • 处罚的严重程度通常取决于违规行为的性质、情节以及造成的后果。例如，如果总包单位长期拖欠工资，导致农民工生活困难或引发群体性事件，那么处罚可能会更加严厉。

3. 总包单位的整改与补救措施：

   • 在工资保证金被使用后，总包单位应积极采取措施整改，确保今后按时足额支付农民工工资。
   • 如果总包单位能够及时补足工资保证金，并采取有效措施防止类似情况再次发生，那么相关部门可能会考虑减轻或免除对其的处罚。

4. 法律法规的具体规定：

   • 具体的处罚措施和程序通常由相关法律法规规定。例如，《保障农民工工资支付条例》等法规对工资保证金的缴纳、使用、管理以及违规行为的处罚等都有明确规定。
   • 因此，在判断总包单位是否会被处罚时，需要具体参考相关法律法规的规定。

建议：

• 总包单位应严格遵守相关法律法规，按时足额支付农民工工资，避免工资保证金被使用。
• 如果工资保证金被使用，总包单位应积极配合相关部门的调查和处理工作，及时采取措施整改和补救。
• 如有需要，总包单位可以咨询专业律师，了解具体的法律责任和应对策略。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。