在《保障农民工工资支付条例》下，若总包单位直接支付了农民工工资，分包单位是否会受处罚需视具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：
一、总包单位直接支付工资的合法性
根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，建设单位或施工总承包单位有义务将人工费用及时足额拨付至农民工工资专用账户，用于支付农民工工资。若分包单位未按约定及时足额支付农民工工资，总承包单位确实有权直接支付，并从分包单位的工程款中扣除相应款项。这一规定旨在确保农民工能够及时获得应得的工资，维护其合法权益。
二、分包单位可能受处罚的情形
未按时足额支付工资：
- 如果分包单位未按照劳动合同约定或国家规定按时足额支付农民工工资，根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，分包单位将面临人力资源社会保障行政部门或其他相关部门的责令限期支付，逾期不支付的，将面临罚款等处罚。
未开设或使用工资专用账户：
- 分包单位若未按规定开设或使用农民工工资专用账户，同样可能受到相关部门的处罚。这包括未将工资直接支付给农民工本人，或未通过工资专用账户进行支付等行为。
其他违法行为：
- 除了上述两种情形外，分包单位若存在其他违法行为，如编造虚假用工台账、伪造工资支付记录等，也将受到法律的制裁。
三、分包单位不受处罚的情形
若分包单位已按时足额支付工资：
- 如果分包单位已经按照劳动合同约定和国家规定按时足额支付了农民工工资，且没有其他违法行为，那么即使总承包单位直接支付了工资（例如出于资金调配、管理效率等考虑），分包单位通常也不会因此受到处罚。
总包单位自愿代付且分包无过错：
- 在某些情况下，总承包单位可能出于自愿或双方协商的结果，直接代付农民工工资。如果分包单位在此过程中没有过错或违法行为，那么其也不会因此受到处罚。
四、法律建议
分包单位应严格遵守法律法规：
- 分包单位应确保按时足额支付农民工工资，并开设和使用工资专用账户，以避免受到法律的制裁。
加强与总承包单位的沟通与协作：
- 分包单位应与总承包单位保持密切的沟通与协作，共同确保农民工工资的及时足额支付。在出现支付问题时，应及时协商解决，避免矛盾升级。
关注法律法规的更新与变化：
- 分包单位应密切关注相关法律法规的更新与变化，及时调整自身的经营策略和管理方式，以适应新的法律环境。
若您在农民工工资支付方面遇到任何问题或困惑，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律建议和解决方案。