总包单位在分包单位套用大量农民工工资的情况下，主要承担以下责任：
先行清偿责任：
- 当分包单位未能按时支付农民工工资，甚至存在套用工资等违法行为时，总包单位需承担先行清偿责任。这意味着总包单位需要先拿出资金支付农民工被拖欠的工资，确保农民工的基本生活不受影响。之后，总包单位可以依法向分包单位进行追偿，要求其返还垫付的工资款项。
监督管理责任：
- 总包单位在工程项目中应配备劳资专管员，负责监督分包单位的劳动用工情况，包括用工、考勤和工资支付等。如果发现分包单位存在套用农民工工资等违规行为，总包单位应及时制止并纠正，确保分包单位合规操作。
- 总包单位还应定期审核分包单位编制的农民工工资支付表，确保工资支付的准确性和及时性。通过设立农民工工资专用账户，专项用于存储和支付农民工工资，保证资金专款专用，防止工资被套用或挪用。
法律责任与处罚：
- 若总包单位未履行上述责任，如未按时支付农民工工资、未履行监督管理职责等，将面临劳动保障行政部门的责令限期支付、加付赔偿金等法律责任。
- 此外，总包单位还可能受到信用惩戒措施，如不良行为记录被记入信用档案，影响其市场准入、招投标等活动。这将对总包单位的商业信誉和长期发展产生不利影响。
具体建议：
- 加强合同管理：总包单位在与分包单位签订合同时，应明确约定工资支付条款，包括支付周期、支付方式、支付金额等，确保分包单位按照合同约定支付农民工工资。
- 建立监督机制：总包单位应建立有效的监督机制，定期对分包单位的用工和工资支付情况进行检查，及时发现并纠正问题。
- 及时维权：如果农民工反映工资被套用或拖欠，总包单位应积极协助农民工维权，包括提供必要的证据和协助农民工向劳动保障行政部门投诉或申请劳动仲裁。
可能面临的法律后果：
- 如果总包单位未履行先行清偿责任或监督管理责任，导致农民工工资被拖欠或套用，总包单位将承担法律责任，包括支付拖欠的工资、加付赔偿金等。
- 同时，总包单位的商业信誉和长期发展也可能受到不利影响，如被列入不良行为记录名单、影响招投标活动等。
总之，总包单位在分包单位套用大量农民工工资的情况下，应承担先行清偿责任、监督管理责任以及可能的法律责任与处罚。总包单位应加强合同管理、建立监督机制并及时维权，以避免类似问题的发生。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。