针对您提出的“员工自己卖公司废纸怎么办”这一问题，这实际上涉及到了职务侵占的法律范畴，是一个需要严肃对待的问题。
首先，从法律角度来看，员工利用职务之便，私自将公司的废纸或其他财物出售并占为己有，这种行为构成了职务侵占罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，公司、企业或其他单位的工作人员，如果利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，且数额较大，将会受到法律的严惩，包括有期徒刑、拘役以及罚金等处罚。
接下来，我们分析这种行为的后果。以您提到的案例为例，明某作为物料仓库管理员，利用职务之便，以低于市场价的价格收购公司废品，再以高价卖给废品回收站，两年内累计侵占公司废品销售款80余万元，最终被法院以职务侵占罪判处有期徒刑一年十一个月，并处罚金五万元。这充分说明了职务侵占行为的严重性和法律后果。
那么，作为企业应该如何应对和预防这类问题呢？
建立健全管理制度：企业应明确岗位职责，建立健全人员管理制度、财物审批审计体系和内部监督制约机制，确保每一环节都有明确的责任人和监督机制，防止职务侵占行为的发生。
强化法治教育培训：企业应定期对员工进行法治教育培训，提高员工的法律意识和廉洁意识，让员工明白职务侵占行为的严重性和法律后果，从而自觉遵守企业规章制度和法律法规。
加强内部审计和监督：企业应建立内部审计和监督机制，定期对公司的财物进行审计和盘点，及时发现和处理异常情况，确保公司财物的安全和完整。
鼓励员工举报：企业应建立举报机制，鼓励员工对发现的职务侵占行为进行举报，并对举报人给予适当的奖励和保护，形成全员参与监督的良好氛围。
最后，作为员工，也应该保持职业道德，坚守廉洁从业底线，严格遵守企业规章制度和法律法规，做到廉洁自律。如果发现身边有职务侵占行为，应及时向企业或相关部门举报，共同维护企业的良好发展环境。
总之，员工自己卖公司废纸是一种严重的职务侵占行为，不仅会对企业造成经济损失，还会对员工个人带来严重的法律后果。因此，企业和员工都应该高度重视这个问题，采取有效措施加以预防和应对。