结论：单位在与员工就因病不能继续工作协商补偿金时，责任范围应明确、具体且合法合理，可从医疗期、补偿金计算依据、双方权利义务、争议解决方式等角度写清楚。以下是详细说明：
明确医疗期相关责任
- 医疗期时长：依据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限，明确其依法享有的医疗期时长。例如，根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月等。在协议中清晰写明该员工适用的医疗期具体时长，避免后续争议。
- 医疗期工资待遇：明确在医疗期内单位应支付给员工的工资标准。一般来说，医疗期内企业支付的病假工资不得低于当地最低工资标准的80%。要详细说明计算方式和支付时间节点，如每月几号发放等。
- 医疗期满后的处理：若医疗期满后员工仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，单位可以依据法律规定解除劳动合同。此时要明确告知员工单位将按照法定程序进行操作，包括提前通知、支付经济补偿等。
清晰补偿金计算依据
- 经济补偿计算方式：如果协商解除劳动合同涉及经济补偿，要详细说明补偿金的计算依据。根据《劳动合同法》规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里要明确“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
- 特殊情况说明：如果员工存在特殊情况，如工资高于当地上年度职工月平均工资三倍的，要按照特殊规定计算补偿金，即向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。在协议中要准确体现这些特殊情况的计算方式。
- 其他补偿项目：除了经济补偿，如果双方协商一致还有其他补偿项目，如医疗补助费等，要明确补偿的金额、支付方式和时间。医疗补助费一般是在员工患病或者非因工负伤，合同期满终止劳动合同，或者医疗期满被解除劳动合同时，单位根据员工的工作年限等情况给予的一次性补助。
界定双方权利义务
- 员工义务：明确员工在协商解除劳动合同后应履行的义务，如办理工作交接手续，归还单位的财物、文件资料等；保守单位的商业秘密和知识产权相关秘密，在一定期限内不得从事与单位有竞争关系的工作等。对于保密义务和竞业限制义务，要明确具体的期限、范围和违约责任。
- 单位义务：单位要明确承诺按照协议约定支付补偿金和其他相关费用，为员工办理社会保险和住房公积金的转移手续等。同时，要保证在协议履行过程中不侵犯员工的合法权益。
约定争议解决方式
- 协商解决：首先鼓励双方在发生争议时通过友好协商的方式解决，明确协商的时间和方式，如在争议发生后几日内双方进行沟通协商等。
- 仲裁或诉讼：如果协商不成，要明确约定争议解决的途径，是申请劳动仲裁还是向人民法院提起诉讼。一般来说，劳动争议需要先经过劳动仲裁前置程序，对仲裁裁决不服的才可以向法院起诉。在协议中要准确写明申请仲裁的仲裁委员会名称或提起诉讼的法院名称。
示例条款：
“一、医疗期
- 乙方（员工）依法享有[X]个月的医疗期，自[起始日期]至[结束日期]。
- 在医疗期内，甲方（单位）按照不低于当地最低工资标准的80%向乙方支付病假工资，每月[具体日期]发放。
- 医疗期满后，若乙方仍不能从事原工作，也不能从事由甲方另行安排的工作的，甲方将按照法定程序解除与乙方的劳动合同。
二、补偿金
- 甲方同意向乙方支付经济补偿金，根据乙方在甲方的工作年限，每满一年支付一个月工资，共计[X]个月工资，月工资标准为乙方在劳动合同解除前十二个月的平均工资[X]元，经济补偿金总额为[X]元。
- 因乙方工资高于当地上年度职工月平均工资三倍，甲方按照职工月平均工资三倍的数额向乙方支付经济补偿，支付年限最高不超过十二年。当地上年度职工月平均工资为[X]元，甲方支付给乙方的经济补偿金为[X]元。
- 甲方额外向乙方支付医疗补助费[X]元，于本协议签订后[X]日内支付。
三、双方权利义务
- 乙方应在协议签订后[X]日内办理工作交接手续，归还甲方财物、文件资料等。
- 乙方承诺在离职后[X]年内保守甲方的商业秘密和知识产权相关秘密，不从事与甲方有竞争关系的工作。若乙方违反上述约定，应向甲方支付违约金[X]元。
- 甲方应按照本协议约定向乙方支付各项费用，并在协议签订后[X]日内为乙方办理社会保险和住房公积金的转移手续。
四、争议解决
双方在履行本协议过程中如发生争议，应首先友好协商解决；协商不成的，任何一方均有权向[具体劳动仲裁委员会名称]申请劳动仲裁；对仲裁裁决不服的，可向[具体法院名称]提起诉讼。”
希望以上内容对你有所帮助，若你还有其他疑问或需要进一步优化协议条款，欢迎随时向我咨询。