关于员工因生病不能胜任工作时的经济补偿问题，这是一个涉及劳动法规定和实际操作细节的重要议题。以下是我为您详细梳理的解答：
一、基本原则与法定程序
首先，根据《劳动合同法》的相关规定，当员工因生病不能胜任工作时，公司不能直接解除劳动合同，而应遵循一定的法定程序。这主要包括调岗或提供培训，以适应员工的身体状况和工作能力。调岗应优先考虑与原工作相似或相关联的岗位，并确保新岗位适合员工的身体状况，薪资原则上应保持不变，除非双方另有约定。
二、医疗期内的保护
员工在法定医疗期内享有特殊的保护。医疗期的时长根据员工实际工作年限和在本单位的工作年限来确定，例如，实际工作年限10年以下，本单位工作年限5年以下的为3个月，5年以上的为6个月。在医疗期内，公司不得因员工不能胜任工作而解除劳动合同。
三、医疗期满后的处理与经济补偿
解除劳动合同的条件：医疗期满后，如果员工仍不能从事原工作，也不能从事公司另行安排的工作，公司可以提前三十日以书面形式通知员工，或者额外支付一个月工资后，解除劳动合同。
经济补偿的计算：此时，公司需要按照员工在本单位工作的年限支付经济补偿。具体标准为：每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资。这里的月工资是指员工劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
特殊情况下的经济补偿上限：如果员工的月工资高于当地职工月平均工资的三倍，那么经济补偿的标准将按照职工月平均工资的三倍来支付，但最高支付年限不超过十二年。
四、特殊情况与额外保护
职业病或工伤：如果员工生病是因为患职业病或因工负伤，并被确认丧失或部分丧失劳动能力，那么公司将不得随意解除劳动合同，并应按照工伤保险的规定给予相应的待遇。
违法解除的后果：如果公司未依法进行调岗或培训就解除劳动合同，或者在医疗期内违法解除劳动合同，那么这将构成违法解除。员工有权要求公司继续履行劳动合同，或者如果不要求继续履行或劳动合同已无法继续履行，公司需要按照经济补偿标准的二倍支付赔偿金。
五、员工主动辞职的情况
如果员工因病主动辞职，通常情况下公司无需支付经济补偿。但是，如果员工能够证明是用人单位的违法行为迫使其辞职，那么情况可能会有所不同。
六、实际操作建议
了解当地政策：由于不同地区的劳动法规可能存在细微差异，因此在实际操作中，建议咨询当地劳动部门或专业律师，以确保权益得到充分保障。
积极沟通协商：员工在面临此类问题时，应积极与用人单位沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。
保留相关证据：无论是员工还是用人单位，在处理此类问题时都应保留好相关证据，如医疗证明、调岗通知、经济补偿计算依据等，以备不时之需。
综上所述，员工因生病不能胜任工作时的经济补偿问题涉及多个方面和细节。希望以上解答能够为您提供清晰、详细、有深度的指导。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。