针对您提出的“员工在工作中贪污5000元怎么处理”的问题，以下是我根据我国相关法律法规给出的详细解答：
一、处理结果概述
员工贪污公司5000元，其处理结果将依据具体情况涉及民事、行政及刑事多个层面。若不构成犯罪，可能面临公司内部处理和民事赔偿；若构成犯罪，则将依法受到刑事处罚。
二、民事层面处理
公司内部处理：
- 公司有权依据内部规章制度对涉事员工进行严肃处理。这可能包括责令员工退还所贪污的款项、给予警告、罚款、降职、降薪，甚至解除劳动合同等。
- 如果劳动合同中有明确约定关于此类不当行为的违约责任，员工还需按照合同约定承担相应的责任。
民事赔偿诉讼：
- 公司有权通过民事诉讼途径要求员工返还侵占的5000元款项，并可主张因此造成的其他直接经济损失。
- 在提起诉讼时，公司需提供充分的证据来证明员工侵占财物的事实，如财务记录、交易凭证、证人证言等。
三、行政层面处理
- 即使员工贪污的数额未达到刑事立案的标准，但如果情节较重或违反了《治安管理处罚法》的相关规定，公安机关有权对其实施行政拘留，并处以相应的罚款。
- 同时，员工所在单位或上级主管机关也可根据内部规章制度给予其行政处分，以维护公司的正常秩序和纪律。
四、刑事层面处理
职务侵占罪与贪污罪的认定：
- 对于非国有公司、企业或其他单位的员工，如果利用职务便利侵占公司财物，且达到当地规定的数额标准（一般三万元以上），可能构成职务侵占罪。虽然5000元通常未达到此标准，但如果存在多次侵占等情节严重的情况，也可能被追究刑事责任。
- 对于国有企业等国有单位的员工，如果侵吞公司财物5000元，并具有特定情形（如曾因贪污、受贿受过处分等），则可能涉嫌贪污罪。
量刑标准：
- 如果个人贪污数额在五千元以上不满五万元的，根据法律规定，可能处一年以上七年以下有期徒刑。如果情节特别严重，可能处七年以上十年以下有期徒刑。
- 但值得注意的是，如果贪污者在犯罪行为发生后能够真诚悔过并积极退还赃款，法院在量刑时会考虑这一因素，并可能酌情减轻处罚或免予刑事处罚。不过，即使免予刑事处罚，员工仍可能受到行政处分。
五、综合建议
- 对于公司而言，一旦发现员工存在贪污行为，应立即启动内部调查程序，并根据调查结果采取相应的处理措施。同时，公司应加强内部管理，完善规章制度，防止类似事件再次发生。
- 对于员工而言，应严格遵守法律法规和公司规章制度，避免触碰法律红线。如果已经犯下错误，应真诚悔过并积极退还赃款，以争取从轻或减轻处罚。
综上所述，员工贪污公司5000元将面临多方面的处理结果。因此，我建议员工严格遵守法律法规和公司规章制度，共同维护一个诚信、公正的工作环境。