针对您提出的“员工贪污5000元怎么罚款”的问题，这实际上涉及多个层面的处理，而不仅仅是罚款这一简单措施。以下是根据我国相关法律法规，为您提供的详细解答：

一、民事层面处理

1. 公司内部处理：

   • 公司有权依据内部规章制度对涉事员工进行处分。这可能包括责令退还所贪污的5000元款项，以及根据情节轻重给予警告、罚款（但罚款金额需符合法律法规，不能随意设定）、降职、降薪或解除劳动合同等处罚。
   • 如果劳动合同中有明确约定关于此类不当行为的违约责任，员工还需按照合同承担相应的责任。

2. 民事赔偿诉讼：

   • 公司有权通过民事诉讼途径要求员工返还侵占的5000元款项，并可以主张因此造成的其他直接经济损失。
   • 在提起诉讼时，公司需要提供充分的证据来证明员工侵占财物的事实，如财务记录、交易凭证、证人证言等。

二、行政层面处理

• 即使员工贪污的数额未达到刑事立案的标准，但如果情节较重或违反了《治安管理处罚法》的相关规定，公安机关有权对其实施行政拘留，并处以相应的罚款。
• 同时，员工所在单位或上级主管机关也可以根据内部的规章制度给予其行政处分，以维护公司的正常秩序和纪律。

三、刑事层面处理（需视具体情况而定）

1. 职务侵占罪与贪污罪的界定：

   • 对于非国有公司、企业或其他单位的员工，如果利用职务便利侵占公司财物，且数额达到当地规定的标准（一般三万元以上），可能构成职务侵占罪。但5000元通常未达到此标准，不过，如果存在多次侵占等情节严重的情况，也可能被追究刑事责任。
   • 对于国有企业等国有单位的员工，如果侵吞公司财物5000元，并具有特定情形（如曾因贪污、受贿受过处分等），则可能涉嫌贪污罪。

2. 量刑标准与悔过态度：

   • 如果构成贪污罪，且个人贪污数额在五千元以上不满五万元的，根据法律规定，可能处一年以上七年以下有期徒刑。情节严重者，处七年以上十年以下有期徒刑。
   • 但法院在量刑时，会综合考虑贪污行为的情节轻重、悔过态度以及退赃情况等因素。如果贪污者在犯罪行为发生后能够真诚悔过并积极退还赃款，法院可能会酌情减轻处罚或免予刑事处罚。不过，即使免予刑事处罚，仍可能受到行政处分。

综合建议

员工贪污公司5000元，首先会面临公司的内部处理和可能的民事赔偿诉讼。同时，根据具体情况，还可能受到行政处罚或刑事追究。因此，我建议您严格遵守法律法规和公司规章制度，避免触碰法律红线。如果已经发生了贪污行为，应尽快向公司坦白并积极退还赃款，以争取从轻或减轻处理。